pythonを使用した行列をテキストファイルに出力

Question

pythonを使用して、指定のテキストファイルからデータを読み込み、ソースコード中の計算式で計算した結果を出力しようとしています。
現在、出力という行為自体はうまくいっておりテキストファイル、またpython shellへの出力は出来ているのですが…。
行列として出力を行うと以下のような結果になってしまいます。

[1 2 3 4 5 6
7 8 9 10 11 12
13 14 ...]
[1a 2a 3a 4a 5a 6a
7a 8a 9a 10a 11a 12a
13a 14a...]

上記の様に6列複数行の形で出力されてしまいます()。
データ量が膨大なため、何十列となるのは分かっていますがこれを1行ずつの行列に変換できないでしょうか？
理想としては上記の出力結果を

[1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 ...]
[1a 2a 3a 4a 5a 6a 7a 8a 9a 10a 11a 12a 13a 14a ...]

のように出来ればと考えております。
質問内容が分かりにくければコメントでご指摘お願い致します。
宜しくお願いします。

以下、使用しているソースコードになります(3次元グラフも出力しますが、ソースコードは省いてあります)。

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib import cm
from matplotlib.ticker import LinearLocator, FormatStrFormatter
import math
import numpy as np

np.set_printoptions(threshold=np.inf)

def MaxMinNormalization(x):
    x = (x - np.min(x)) / (np.max(x) - np.min(x));
    return x

def morlet(t):
    f0=0.849
    jisuans=np.power(np.pi,-1/4)*(np.cos(-2*np.pi*f0*t)-np.exp(-np.power(2*np.pi*f0,2)/2))*np.exp(-np.power(t,2)/2)
    qyosuans=np.power(np.pi,-1/4)*np.sin(-2*np.pi*f0*t)*np.exp(-np.power(t,2)/2)
    return jisuans,qyosuans

f0=0.849

#解析したいデータの読み込み
x = np.arange(0.00,1.00,0.001)
y = open("EMGwave_test.txt")

lines1 = y.read()
y.close()

lines2 = lines1.split("\n")
data=[]
for line in lines2:
    data.append(float(line))
y=data[0:1000]

#Wavelet
Hz=np.arange(50,100,1)
aa=f0/Hz
summ=[]
for a in aa:
    wbltb=[]
    for b in x:
        t=(x-b)/a
        wblt1=1/math.sqrt(a)*sum(morlet(t)[0]*y)
        wblt2=1/math.sqrt(a)*sum(morlet(t)[1]*y)
        wblt=np.sqrt(wblt1*wblt1+wblt2*wblt2)
        wbltb.append(wblt)
    summ.append(wbltb)
summ=np.array(summ)


file = open("writing.txt","w")
file.write(str(summ))
file.close()

Comments

[can110]

出力結果は「[～]」で囲む、および区切り文字は空白である必要はありますか？
すなわち「[1 2 3 4～]」ではなく「1,2,3,4,～」という出力でもかまいませんか？

[kamikura]

数値ごとにカンマで区切る、ということでしょうか？
出力されたデータをmatlabで流用できる形であれば、どのような形でも構いません。
また流用出来ない、という場合でも現状では問題ない為どちらの形でも大丈夫です。

Answer 1

これは "略式の" つまり読み易い object の文字列表現です。

https://docs.python.jp/3/library/stdtypes.html#str

str(summ)は人間が見て読みやすい文字列表現を返します。適当に略されたり丸められたりしますし、一般的な入力フォーマットとの親和性も低いので、データをdumpするような目的にはまったく向いていません。

そういう用途であればnumpy.savetxtあたりを使ってください。

numpy.savetxt — NumPy v1.15 Manual

Comments

[kamikura]

回答、ありがとうございます。
str文がそもそもそういった形で出力するものだったんですね…。
numpy.savetxtを使い方は上記のURLから確認してみましたが…
初歩的かもしれませんが、この場合はどういったソースコードになるのでしょうか…？
ご教授いただければ幸いです。

[hayataka2049]

np.savetxt("writing.txt", summ)
とか書くととりあえず出力されます。

$ python
>>> import numpy as np
>>> np.savetxt("out", [[1,2,3],[4,5,6]])
>>> Ctrl-d
$ cat out
1.000000000000000000e+00 2.000000000000000000e+00 3.000000000000000000e+00
4.000000000000000000e+00 5.000000000000000000e+00 6.000000000000000000e+00

[kamikura]

頂いたコードで、上記のような形で出力されました！
ありがとうございます。
こちら、最終列はどうしても改行されてしまうのでしょうか…？
その形でもdumpするような目的で使用可であれば、この形でも大丈夫です。

[hayataka2049]

＞こちら、最終列はどうしても改行されてしまうのでしょうか…？
ちょっと言いたいことがよくわからなかったので、詳しく説明してもらえると助かります。

np.savetxtで書き出したものは基本的にnp.loadtxtで読み込めます。使い方とかは検索すれば出てくるのでここでは書きませんが。

[kamikura]

ごめんなさい、こちらの表示上の問題でした。
2行3列の形で出力出来ていることを確認できました。
ご丁寧にありがとうございました！
np.loadtxtについてはこちらで検索してみます。