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Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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22Go

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Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2018/12/02 23:52

text

1with open("short.sequ.txt") as f: 2 count = [] 3 for line in f: 4 if line.startswith(">"): 5 print(line) 6 seq = "" 7 else: 8 seq += "".join(line.split()) 9 count = 0 10 count += len(seq) 11 print(count)

short.sequ.txt

1>YP_009518834.1 putative uncharacterized protein YjiT [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 2MGQSEYISWVKCTSWLSNFVNLRGLRQPDGRPLYEYHATNDEYTQLTQLLRAVGQSQSNICNRDFAACFV 3LFCSEWYRRDYERQCGWTWDPIYKKIGISFTATELGTIVPKGMEDYWLRPIRFYESERRNFLGTLFSEGG 4LPFRLLKESDSRFLAVFSRILGQYEQAKQSGFSALSLARAVIEKSALPTVFSEDTSVELISHMADNLNSL 5VLTHNLINHKEPVQQLEKVHPTWRSEFPIPLDDETGTHFLNGLLCAASVEAKPRLQKNKSTRCQFYWSEK 6HPDELRVIVSLPDEVSFPVTSEPSTTRFELAICEDGEEVSGLGPAYASLENRQATVRLRKSEVRFGRQNP 7SAGLSLVARAGGMIVGSIKLDDSEIAIGEVPLTFIVDADQWLLQGQASCSVRSSDVLIVLPRDNSNVAGF 8DGQSRAVNVLGLKALPVKGCQDVTVTANETYRIRTGREQISIGRFALNGKRASWVCHPDETFIGVPKVIS 9TLPDIQSIDVTRYTC 10 11 12>YP_009518833.1 uncharacterized protein YtiA [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 13MKEFLFLFHSTVGVIQTRKALQAAGMTFRVSDIPRDLRGGCGLCIWLTCPPGEEIQWVIPGLTESIYCQQ 14DGVWRCIAHYGVSPR 15 16

#結果

txt

1>YP_009518834.1 putative uncharacterized protein YjiT [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 2 370 4140 5210 6280 7350 8420 9490 10505 11505 12505 13>YP_009518833.1 uncharacterized protein YtiA [Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655] 14 1570 1685 1785

これをリストに格納したいです
空のcountを作成したのですがappendを組み込んでも格納できなくて
困ってます、、、

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hayataka2049

2018/12/03 00:27

appendを組み込んだコードと、「格納できない」の意味・実態を示してください
hayataka2049

2018/12/03 00:45

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guest

回答2

0

count変数をループ内でcount = 0として初期化していますが、これが原因ですね
pythonはforループ内にスコープを持たないので、すでに宣言している変数を同名で定義したら普通に上書きされますよ

投稿2018/12/03 00:13

kiwibird

総合スコア105

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22Go

2018/12/03 00:18

ありがとうございます countをelse文の中で新たに定義する?ということですか? すみませんまだ始めたばかりで理解できないです、、、
guest

0

ベストアンサー

あまり良くわかっていませんが...
こういう動作であっていますか?

python

1with open("short.sequ.txt", 'rt', encoding='utf-8') as f: 2 count = [] 3 seq = "" 4 for line in f.readlines(): 5 if line.startswith(">"): 6 print(line, end='') 7 else: 8 seq += "".join(line.split()) 9 count.append(len(seq)) 10 print(len(seq)) 11 12 13>> 実行結果 14>YP_009518834.1 putative uncharacterized protein YjiT [Escherichia coli str. K-1 152 substr. MG1655] 160 1770 18140 19210 20280 21350 22420 23490 24505 25505 26505 27>YP_009518833.1 uncharacterized protein YtiA [Escherichia coli str. K-12 substr. 28 MG1655] 29505 30575 31590

投稿2018/12/03 00:28

編集2018/12/03 01:28
kiwibird

総合スコア105

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22Go

2018/12/03 00:42

度々申し訳ありません [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9] この部分だけ出力したいのですが with open("short.sequ.txt") as f: count = [] for line in f: if line.startswith(">"): print(line) seq = "" else: seq += "".join(line.split()) count = append.line count += len(seq) print(count) これでうまくいかない場合はどうしたらいいでしょうか ループについて理解が乏しいのでもしよろしければ解説いただきたいです
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