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Python-Mysqlのエラー「pymysql.err.OperationalError: (2013, 'Lost connection to MySQL server during query」

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proglabo

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題名の通りです。
下記プログラムを実行しています。

MYSQL_USER="ユーザー"
MYSQL_PASSWORD="パスワード"
MYSQL_HOST="ホスト"
MYSQL_DATABASE="データベース名"
MYSQL_PORT="3306"
CONNECT = mysql.connector.connect(port=MYSQL_PORT,user=MYSQL_USER, password=MYSQL_PASSWORD, host=MYSQL_HOST, database=MYSQL_DATABASE, charset='utf8' )
CURSOR = CONNECT.cursor(buffered=True)
query=r"""時間のかかるSQL"""
CURSOR.execute(query)
CONNECT.commit()


下記のエラーが出ます

Traceback (most recent call last):
  File "update_db.py", line 93, in <module>
    CURSOR.execute(query)
  File "/usr/lib64/python3.6/site-packages/mysql/connector/cursor.py", line 566, in execute
    self._handle_result(self._connection.cmd_query(stmt))
  File "/usr/lib64/python3.6/site-packages/mysql/connector/connection.py", line 530, in cmd_query
    result = self._handle_result(self._send_cmd(ServerCmd.QUERY, query))
  File "/usr/lib64/python3.6/site-packages/mysql/connector/connection.py", line 304, in _send_cmd
    return self._socket.recv()
  File "/usr/lib64/python3.6/site-packages/mysql/connector/network.py", line 248, in recv_plain
    raise errors.InterfaceError(errno=2013)
mysql.connector.errors.InterfaceError: 2013: Lost connection to MySQL server during query


Mysqlのタイムアウトの問題かと思い、interactive_timeoutやwait_timeoutを確認してみましたが、どちらも8時間の設定になっていました

>>> show global variables like '%timeout%';

connect_timeout    10
delayed_insert_timeout    300
have_statement_timeout    YES
innodb_flush_log_at_timeout    1
innodb_lock_wait_timeout    50
innodb_rollback_on_timeout    OFF
interactive_timeout    28800
lock_wait_timeout    31536000
net_read_timeout    30
net_write_timeout    60
rpl_semi_sync_master_async_notify_timeout    5000000
rpl_semi_sync_master_timeout    3000
rpl_stop_slave_timeout    31536000
slave_net_timeout    30
wait_timeout    28800

>>> show global variables like '%wait%';

innodb_lock_wait_timeout    50
innodb_spin_wait_delay    6
lock_wait_timeout    31536000
performance_schema_events_waits_history_long_size    0
performance_schema_events_waits_history_size    0
rpl_semi_sync_master_wait_for_slave_count    1
rpl_semi_sync_master_wait_no_slave    ON
rpl_semi_sync_master_wait_point    AFTER_SYNC
wait_timeout    28800


ライブラリの問題かと思いPyMysqlに変えてみましたが、結果は同じでした。
よろしくお願いいたします

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