pythonのマイグレーションツールによって差分の管理

Question

flask-migrateというalembicをよりよくし、flaskに特化したマイグレーションツールを使っています。

やりたいことは、2種類の別アプリ、別ソース、別モデルのスキーマを一つのDBで管理したいです。その際、どうやって2つのモデルの差分をマイグレーションツールで管理していけばよいのでしょうか？そもそもできるのかどうかがわからずにいます。

2つの別々のモデルのスキーマを一つのDBで管理するにはどうマイグレーションツールを使っていけばよいのでしょうか？

補足：
何かデータを管理するアプリAから別アプリBのDBを読みにいってその管理画面で表示させる、かつ管理画面でしか使われていないテーブルに関するモデルの記述は、管理するアプリA側のコードに記載されており、別アプリB側のコードには記載されていません。