python3 コンパイルエラー'gcc'への対処について教えてください.

Question

今, こちらのサイトを参考にpystanを用いたモデリングの練習をしています.
pystanで線形回帰

python

"""
pystan の練習py

data : ボストン近郊の住宅情報のデータを使う.
"""
import numpy as np
from  pystan import StanModel
from sklearn.datasets import load_boston
from sklearn.model_selection import train_test_split

Boston = load_boston()
X = Boston.data
y = Boston.target

#　Separating the dataset
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X,y,test_size = 0.2)

# Stan 部分
data = {'N': X_train.shape[0],'M':X_train.shape[1],'x':X_train, 'y':y_train}
# Stan コード
model = """
    data{
    int<lower=0> N;
    int<lower=0> M;
    matrix[N,M] X;
    vector[N] y;
    }
    parameters{
    real beta_0;
    vector[M] beta;
    real<lower=0> sigma;
    }
    model {
        for(i in 1:N)
            y[i] ~ normal(beta_0 + dot_product(X[i],beta),sigma);
    }
"""

stm = StanModel(model_code = model)

上記のコードを実行した結果, 以下のエラーが出ました. Error箇所は最終行の stm = StanModel()の部分となっています.

INFO:pystan:COMPILING THE C++ CODE FOR MODEL anon_model_183562d9f6b65150bf16967dbf614eac NOW.
/Users/myname/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/Cython/Compiler/Main.py:367: FutureWarning: Cython directive 'language_level' not set, using 2 for now (Py2). This will change in a later release! File: /var/folders/k3/5_y8h_552gv2n875280rv_600000gn/T/tmpromycksj/stanfit4anon_model_183562d9f6b65150bf16967dbf614eac_110513922084137191.pyx
  tree = Parsing.p_module(s, pxd, full_module_name)
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/myname/Desktop/THESIS PROGRAMING/pystan_try.py", line 39, in <module>
    stm = StanModel(model_code = model)
  File "/Users/myname/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pystan/model.py", line 350, in __init__
    build_extension.run()
  File "/Users/myname/miniconda3/lib/python3.6/distutils/command/build_ext.py", line 339, in run
    self.build_extensions()
  File "/Users/myname/miniconda3/lib/python3.6/distutils/command/build_ext.py", line 448, in build_extensions
    self._build_extensions_serial()
  File "/Users/myname/miniconda3/lib/python3.6/distutils/command/build_ext.py", line 473, in _build_extensions_serial
    self.build_extension(ext)
  File "/Users/myname/miniconda3/lib/python3.6/distutils/command/build_ext.py", line 533, in build_extension
    depends=ext.depends)
  File "/Users/myname/miniconda3/lib/python3.6/distutils/ccompiler.py", line 574, in compile
    self._compile(obj, src, ext, cc_args, extra_postargs, pp_opts)
  File "/Users/myname/miniconda3/lib/python3.6/distutils/unixccompiler.py", line 120, in _compile
    raise CompileError(msg)
distutils.errors.CompileError: command 'gcc' failed with exit status 1

解決する方法を知りたいです.

【追記】:こちらのリンクを参照し, MacOSの方を試したのですが, 以下のパスが無効であると出てしましました。

ターミナル

sudo installer -pkg /Library/Developer/CommandLineTools/Packages/macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg -target /

エラー

installer: Error the package path specified was invalid: '/Library/Developer/CommandLineTools/Packages/macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg'.

Comments

[hayataka2049]

それだけだと何が原因だかわからないので、他に出力されているものがあればすべてコピペして掲載してください

[Jancat]

申し訳ありません, 掲載しました.

Answer 1

こちらに記載のライブラリをお使いのOSにあわせて導入してみてはいかがでしょうか

例)Fedora/CentOS/RHEL(aws ec2):

yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel readline-devel sqlite sqlite-devel openssl-devel xz xz-devel libffi-devel

Comments

[Jancat]

回答してくださりありがとうございます。m(_ _)m 質問の欄に記入するのを忘れてしまいました(･･;)私はMacOSを使用しています. yum はMacOSでは一般的ではないらしいのですが, yumをMacOSにインストールすることは可能でしょうか.

[yukky1201]

リンク先にmacOSも記載あります。参照されてますか？

[Jancat]

リンクに気が付きませんでした. ありがとうございます.