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R標準のplot()でカテゴリデータにそれぞれプロットのマーカーを割り当て

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Mikya

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 前提・実現したいこと

R 3.5.0で主成分分析の結果を2次元平面上にプロットしたのですが、R標準のplot()で3種類のカテゴリデータにそれぞれプロットのマーカーを割り当てたいです。(色分けはできるのですが…)

プロットのマーカーは、
ラベルsetosaには1の○, versicolorには2の△, virginicaには4の×をつけたいです。

 該当のソースコード

data(iris)
data <- iris[1:4]
prcomp.obj <- prcomp(data, scale=TRUE) # 主成分分析

pc1 <- prcomp.obj$x[,1] # 第一主成分得点
pc2 <- prcomp.obj$x[,2] # 第二主成分得点

label <- as.factor(iris[,5]) # 分類ラベル
percent <- summary(prcomp.obj)$importance[3,2] * 100 # 累積寄与率

plot(pc1, pc2, col = label, main = paste(percent, "%"))
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回答 2

+1

何度もすみません。訂正です。
長くなったのでコメント欄から回答欄に移動しました。

colはfactor型、pchはnumeric型で認識されているようです。
そのため、factor型を書き直してプロットしてみてはいかがでしょうか。

label2<-as.numeric(label)
label2[label2==3]<-4
plot(pc1, pc2, col = label, pch = label2, main = paste(percent, "%"))

↑最後の1行をこの3行に書きなおすとおそらくご希望のプロットになるかと・・・
(色付け不要なら col = label は削除で。)

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  • 2018/11/04 21:23 編集

    追加です。こちらの方でプロットの形がカテゴリー別にできました。ありがとうございます。
    私の勘違いでコメント欄の方についていた前の方をベストアンサーにしてしまいました…。大変申し訳無いです。高評価とフォローをさせていただきます。

    キャンセル

  • 2018/11/05 10:24

    お気になさらず(^^)解決して何よりです~

    キャンセル

checkベストアンサー

0

colの代わりにpchパラメータを使えばよいのでは。
https://stats.biopapyrus.jp/r/graph/scattergram.html#pch

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  • 2018/11/04 18:03

    ご回答ありがとうございます。
    col の代わりにpchをいれると
    plot.xy(xy, type, ...) でエラー: プロット記号が不正です
    というエラーが出てしまいます。
    カテゴリ別にpch パラメータは使えないのでしょうか?

    キャンセル

  • 2018/11/04 18:50

    plot(pc1, pc2, col = label, pch = c(1,2,4), main = paste(percent, "%"))
    これで通りましたがどうでしょうか。

    キャンセル

  • 2018/11/04 21:19

    試してみたところ解決いたしました。
    ありがとうございました。

    キャンセル

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