組み込み関数だけでやるなら、このような感じになります。
# 読み込む。
with open('test.txt') as f:
data = [line.split() for line in f.read().splitlines()]
print(data)
# 連番にする。
for i, row in enumerate(data, 1):
row[1] = str(i)
print(data)
# 書き込む。
with open('output.txt', 'w') as f:
for row in data:
f.write(' '.join(row) + '\n')
出力
[['ATOM', '1'], ['ATOM', '2'], ['ATOM', '3'], ['ATOM', '4'], ['ATOM', '1'], ['ATOM', '2'], ['ATOM', '3'], ['ATOM', '4'], ['ATOM', '5'], ['ATOM', '6'], ['ATOM', '18'], ['ATOM', '19']]
[['ATOM', '1'], ['ATOM', '2'], ['ATOM', '3'], ['ATOM', '4'], ['ATOM', '5'], ['ATOM', '6'], ['ATOM', '7'], ['ATOM', '8'], ['ATOM', '9'], ['ATOM', '10'], ['ATOM', '11'], ['ATOM', '12']]
入力ファイル
ATOM 1
ATOM 2
ATOM 3
ATOM 4
ATOM 1
ATOM 2
ATOM 3
ATOM 4
ATOM 5
ATOM 6
ATOM 18
ATOM 19
ATOM 20
出力ファイル
ATOM 1
ATOM 2
ATOM 3
ATOM 4
ATOM 5
ATOM 6
ATOM 7
ATOM 8
ATOM 9
ATOM 10
ATOM 11
ATOM 12
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