for文が1行目で停止する

Question

(sequence.log)
 A   PRO    2
 A   GLY    3
 A   SER    4 

(ATOM2.log)
PRO A   2
PRO A   2
PRO A   2
PRO A   2
PRO A   2
GLY B   3
GLY B   3
GLY A   3
GLY A   3
GLY A   3

sequence.logを1行ずつ読んで、ATOM2.logの一致している行を出力するということをしています。
そこで以下のようなスクリプトを作りました。

path = 'sequence.log'
path2 = 'ATOM2.log'

f = open(path)
f2 = open(path2)

for line in f:
    line_chain = line[1:2] #"A"を抜きだし
    line_num = line[12:13] #"2","3","4"を抜きだし
    line_res = line[5:8] #"PRO","GLY","SER"を抜きだし
    if line_chain == "A":
       for line2 in f2:
           line_chain2 = line2[4:5] #"A"を抜きだし
           line_num2 = line2[8:9] #"2","3"を抜きだし
           line_res2 = line2[0:3] #"PRO","GLY"を抜きだし                    
           if (line_res == line_res2) and (line_chain == line_chain2) and (line_num == line_num2):
              fileobj = open ("a.log", "a")
              print >> fileobj, line2.rstrip()

得たい結果
(a.log)
PRO A   2
PRO A   2
PRO A   2
PRO A   2
PRO A   2
GLY A   3
GLY A   3
GLY A   3

実際に動かしてみると

PRO A   2
PRO A   2
PRO A   2
PRO A   2
PRO A   2

しか出力されません。
for文の中にfor文をいれているため、for line in f:で1行だけ回して止まっているのではないかと考えています。
これを２行目以降も続けるにはどう書き変えればいいのでしょうか。

よろしくお願いします。

Answer 1

for line2 in f2:が１回目のループでファイルが閉じているのが原因かもしれません。

f = open(path).readlines()
f2 = open(path2).readlines()

このように、最初に全て読み出してから処理を行ってみてはいかがでしょうか。

Comments

[退会済みユーザー]

うまくいきました！
ありがとうございます。

[suzu6]

よかったです。
アミノ酸の解析ですかね。頑張ってください。

質問とは異なりますが、sprit()を使うと簡潔になります。
```
for line in file:
chain, num, res = line.strip().split()
print(chain, num, res)
```

[退会済みユーザー]

そんな手段もあるのですね。
参考にさせていただきます。

Answer 2

line[1:2]ですが、Aの後の空白を抜き出していたりしませんか？
デバッグ機能を使って、行ごとに、変数が自分の想定する値をとっているかを確認するといいと思いますよ。

path = 'sequence.log'
path2 = 'ATOM2.log'

f = open(path)
f2 = open(path2)

for line in f:
    line_chain = line[1:2] #"A"を抜きだし #ココ!!!!!!!!!!!!!!!!

Comments

[退会済みユーザー]

回答ありがとうございます。
確認しましたが、想定どおりの値をとっていました。

[退会済みユーザー]

こちらを参考にする限り、line[0:1]とすべきでは？まちがっていたらごめんなさい。
https://www.javadrive.jp/python/string/index11.html
あと、想定外の値をとっているので、おかしな挙動になっているのだと思いますよ。

[退会済みユーザー]

sequence.logのAの前に半角一文字分空白があるので、line[1:2]としています。
ご指摘ありがとうございます。

[退会済みユーザー]

なるほどそうでしたか、ごめんなさい。ちなみに、想定外の値を取っているというのは、line[1:2]の場所以外についても言及してのことですのでお間違いなく。