dockerのmysqlが落ちてしまう問題

前提・実現したいこと

dockerのmysql上で数万件のレコードに対してupdate文を叩いたところ、dockerのmysqlコンテナが落ちてしまう問題を解決したいものです。

発生している問題・エラーメッセージ

元々は正常に動いていたシステムが、update文を叩いたところでmysqlコンテナが落ちてしまい、
docker logs mysqlでログを見てみたところ、

Trying to get some variables.
Some pointers may be invalid and cause the dump to abort.
Query (7f41ac001360): update `candidates` set `full_text` = ? where `id` = ?
Connection ID (thread ID): 29
Status: NOT_KILLED

The manual page at http://dev.mysql.com/doc/mysql/en/crashing.html contains
information that should help you find out what is causing the crash.

というメッセージを確認しました。

その後、docker start mysqlでコンテナは復活しますが、
復活後のコンテナではそこまで重くないselect等でも簡単に落ちるようになってしまうような状況です。

コンテナをrebuildすれば元通り正常な動作に戻るのですが、上記update文を叩くとまた同じ状況になり、
困っております。

試したこと

コンテナのディスクが枯渇したのかと思いdf -lhを叩いたところ、

root@d0c9f59ae464:/# df -lh
Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
none             18G  9.3G  7.7G  55% /
tmpfs           3.9G     0  3.9G   0% /dev
tmpfs           3.9G     0  3.9G   0% /sys/fs/cgroup
/dev/sda1        18G  9.3G  7.7G  55% /etc/hosts
shm              64M     0   64M   0% /dev/shm
c/Users         238G  205G   34G  87% /var/lib/mysql
tmpfs           3.9G     0  3.9G   0% /sys/firmware

と、ディスク容量には問題なさそうです。