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Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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missing 1 required positional argument が出てしまいます

achala

総合スコア27

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投稿2018/08/19 07:44

前提・実現したいこと

biopythonのPDBparser.get_structureを用いて構造を読み込みたいのですが、get_structureに対して、以下のエラーが出て困っています。

発生している問題・エラーメッセージ

TypeError: get_structure() missing 1 required positional argument: 'file'

該当のソースコード

python

1from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser as parser 2import re 3import os 4 5def main(): 6 7 dirname = './PDB' 8 os.chdir(dirname) 9 re_mat = re.compile(r".*pdb") 10 11 for x in os.listdir('./'): 12 mo = re_mat.search(x) 13 if mo is None: 14 continue 15 else: 16 index = 'index' 17 structure = parser.get_structure(index, x) 18 print(structure) 19 20if __name__ == '__main__': 21 main() 22

*for文のxではpdbファイルがstr型で読み込めています。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

◎get_structureの詳細ページ
http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.PDB.PDBParser%27.PDBParser-class.html#get_structure

上記のページには下のように使い方が説明されています。

get_structure(self, id, file) source code Return the structure. Arguments: id - string, the id that will be used for the structure file - name of the PDB file OR an open filehandle

よろしくお願いいたします。

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回答1

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ベストアンサー

get_structure(self, id, file)

見るべきポイントは第一引数がselfという点です。

よってインスタンス化が必要なのでは。

Python

1# as を削除 2from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser 3 4def main(): 5 # インスタンス化 6 parser = PDBParser() 7 dirname = './PDB' 8 9 # 中略 10 for x in os.listdir('./'): 11 # 中略 12 structure = parser.get_structure(index, x)

投稿2018/08/19 08:47

編集2018/08/19 12:15
umyu

総合スコア5846

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achala

2018/08/20 01:46

umyu様 インスタンス化したところできました。 ご回答いただきありがとうございました。
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