Eclipse プロジェクト WEB-INF配下が消える

Question

eclipseでリモート接続し、CentoOSのソースコードを参照し、コードを変更していきたいと考えています。

そこで、リモートアクセスができたのですが、実際に実行していく中でプロジェクトのWEB-INFフォルダの中身が消えてしまうことがあります。現在、確認しているのはclassesフォルダの中身がほとんど消えてしまっている症状が出ています。

ソースコードはzip化し、CentOSにいれて、解凍をしたので、その時点では確かに中身はありました。
おそらくですが、自動ビルドに設定がなっており、ビルドの際に出力先がclassesになっていないためだと思われます。

そこで調べていったのですが、どこかのサイトで右クリックープロパティでビルドパスの指定ができると書かれていたのですが、ローカル環境のプロジェクトしかできなかったため、質問させていただきました。

ビルドパスの指定ができるようにしたいです。

よろしくお願いいたします。