「Custom Post Templates」は、投稿のテンプレートをここに変更できるようにするプラグインですね
「Advanced Custom Fields」は、カスタムフィールドを作成するプラグインですね。
ちょっと機能が違うと思いますので、カスタムフィールドが表示されなくなったのとは、関係ない気がします。
(追記 20180808 12:00)
「Custom Post Templates」によく似た名前のカスタムフィールドのプラグインがあったのを思い出しました。
もしかして、以前使われていたのは、「Custom Post Templates」ではなく「Custom Field Template」でしょうか?
上記の通り、プラグイン名を間違えて書かれていたとして回答します。
テーマ内で、カスタムフィールドは、どのように表示していますか?
「Advanced Custom Fields」の場合、テンプレートファイルの中に <?php the_field('カスタムフィールド名'); ?>
などの関数を書いて、呼び出すことになります。
もし、WordPress の標準関数だけで行うなら <?php echo get_post_meta($post->ID, 'カスタムフィールド名', true); ?>
とかでしょうか。
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