[Android Studio]チェックボックス付ListviewでSearchviewによるフィルターがかからない

タイトルの通りです。listviewに並んだ要素それぞれにチェックボックス(複数選択可)があり、チェックを入れたものの配列を保存する、というものに、searchviewによる検索機能を足そうとしてみました。(検索を前方一致以外にするにはadapterのgetFilterとかをいじる、と見たので、そうしました。)その結果、チェックを一つも打っていない状態なら検索が正常に動作するのに、１つでもチェックが入っている状態からは検索ワードを打ち込んでも反応しない、という状況になってしまいました。

public class SelectActivity extends AppCompatActivity {
    private static ArrayList<Card> targetList;

    @Override
    protected void onCreate(Bundle savedInstanceState) {
        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_select);

        super.onCreate(savedInstanceState);
        setContentView(R.layout.activity_select);

        Toolbar toolbar = findViewById(R.id.tool_bar);
        setSupportActionBar(toolbar);
        toolbar.setTitle(R.string.choose_cards);

        getSupportActionBar().setDisplayHomeAsUpEnabled(true);
        getSupportActionBar().setHomeButtonEnabled(true);

　　    setList();

        searchView = findViewById(R.id.searchView);
        searchView.setOnQueryTextListener(new SearchView.OnQueryTextListener() {
            @Override
            public boolean onQueryTextSubmit(String s) {
                return false;
            }
            @Override
            public boolean onQueryTextChange(String s) {

                if (TextUtils.isEmpty(s)) {
                    listView.clearTextFilter();
                } else {
                    listView.setFilterText(s.toString());
                }
                return true;
            }
        });

    @Override
    public void onResume(){
        super.onResume();
        checkUpdate();
    }
    @Override
    public void onPause(){
        super.onPause();
        resisterTargetList();
    }

    private void setList(){
        MyArrayAdapter adapter = new MyArrayAdapter(
                    this, android.R.layout.simple_list_item_multiple_choice, new ArrayList<String>(Arrays.asList(MainActivity.cardNames)), targetList);

        listView = findViewById(R.id.listview);
        listView.setAdapter(adapter);
        listView.setTextFilterEnabled(true);
        listView.setDivider(null);
    }

    public static void checkUpdate(){
        for(Card card: targetList){
            int id = Arrays.asList(MainActivity.cardNames).indexOf(card.getName());
            listView.setItemChecked(id, true);
        }
    }

    public static void resisterTargetList(){
        SparseBooleanArray array = listView.getCheckedItemPositions();
        targetList.clear();

        for(int i = 0; i < array.size(); i++){
            int at = array.keyAt(i);
            if(array.get(at)){
                targetList.add(MainActivity.cardList.get(at));
            }
        }
    }
}

   public class MyArrayAdapter extends ArrayAdapter {

    private ArrayList<String> cardNames;
    private ArrayList<Card> targetList;

    private TestFilter _filter;

    public MyArrayAdapter(Context context, int resourceId, ArrayList<String> cardNames, ArrayList<Card> targetList){
        super(context, resourceId, cardNames);
        this.cardNames = (ArrayList<String>)cardNames.clone();
        this.targetList = targetList;
        this.otherList = otherList;
    }

    @Override
    public boolean areAllItemsEnabled(){
        return true;
    }

    @Override
    public View getView(int position, View convertView, ViewGroup parent){
        View view = super.getView(position, convertView, parent);
        return view;
    }

    @Override
    public Filter getFilter() {
        if(_filter == null) {
            _filter = new TestFilter();
        }
        return _filter;
    }

    public class TestFilter extends Filter {

        @Override
        protected FilterResults performFiltering(CharSequence constraint) {

            SelectActivity.resisterTargetList();

            ArrayList<String> items = new ArrayList<>();
            if (constraint == null || constraint.length() == 0) {
                items = new ArrayList<String>(cardNames);
            } else {
                // getCount及びgetItemはAdapterのメソッド
                for(int i = 0, size = cardNames.size(); i < size; i++) {
                    String data = cardNames.get(i);
                    if(data.contains(constraint)) {
                        items.add(data);
                    }
                }
            }

            FilterResults r = new FilterResults();
            r.count = items.size();
            r.values = items;
            SelectActivity.checkUpdate();
            return r;
        }

        @SuppressWarnings("unchecked")
        @Override
        protected void publishResults(CharSequence constraint, Filter.FilterResults results) {

            // Adapterのメソッドでデータの内容を更新する
            if(results != null && results.count > 0) {

                List<String> items = (List<String>) results.values;
                clear();
                addAll(items);

                notifyDataSetChanged();
            } else {
                notifyDataSetInvalidated();
            }
        }
    }
}

追記
MainActivityにあるcardList(Arraylist<Card>)は、idとnameを持つCardクラスのオブジェクトの集合で、このnameのみのstring配列がcardNamesです。selectActivityから離れるときにチェックを入れていたところのCardオブジェクトの配列をtargetList(Arraylist<Card>)に入れようとしています。