Atomはただのリッチなテキストエディタです。
言ってみれば、すごく高機能でカスタマイズかつ拡張可能なメモ帳です。
Visual StudioやXcodeのようなIDE(統合開発環境)ではありません。
ですので、Atom自身にはC言語をコンパイルする機能はありません。
では、C言語の開発に全く使えないかというとそうではありません。
シンタックスハイライトに加え、文法チェックを行うプラグインなど、
開発をサポートする機能やプラグインが豊富にありますので、
そちらを使えば十分にC言語の開発ができます。
実際に、私はとあるC/C++アプリをIDEを使わずAtomだけで開発しています。
C言語をコーディングする段階であれば、Atomは十分な機能を持っています。
次に、コンパイルはどうするかというと、
ターミナルからコマンドベースで行います。
gccなどのコマンドを用いたり、大きなプロジェクトあればmakeなどを使います。
ここら辺はコマンドベースでのコンパイル方法を知っていないと難しいかも知れませんが、
慣れれば、IDEを使うよりも楽に感じます。
また、私はあまり使ったことがありませんが、
Atom内でそのようなコマンドを実行するプラグインも探すとあると思います。
※scriptもそういったプラグインの一つです。
Makefileに対して使用すると、makeコマンドをAtom内で実行できます。
用途にあったプラグインが見つからない、見つけても機能に不満があるというなら、
自分でプラグインを作れるのがAtomの醍醐味です。