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Pythonで決定木を出力したい

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sirou

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Macで機械学習の勉強をしています。
IDEはpycharmを使用しています。

決定木の出力を行いたいのですが、

from sklearn.tree import export_graphviz
tree=DecisionTreeClassifier(max_depth=4,random_state=0)
tree.fit(x_train,y_train)
export_graphviz(tree,out_file="tree.dot",class_names=["malignant","benign"],
                feature_names=cancer.feature_names,impurity=False,filled=True)

import graphviz

with open("tree.dot") as f:
    dot_graph=f.read()
graphviz.Source(dot_graph)

参考にしている本にはここまでしか書いておらず、図が出力されません。

pydotplusなどを試したのですが、

GraphViz's executables not found


と出力されて前に進みません。
graphvizの実行ファイルが見当たらないことまではわかったのですが、ファイルが見つかってもpathの通し方がわからないので、困っています。

pydotplusの使い方、またはもっと簡単に出力できる方法があれば教えていただけると幸いです。
どうぞよろしくお願いします。

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回答 1

checkベストアンサー

+1

一番簡単なのは、コマンドラインで、

Export a decision tree in DOT format.

This function generates a GraphViz representation of the decision tree, which is then written into out_file. Once exported, graphical renderings can be generated using, for example:

$ dot -Tps tree.dot -o tree.ps      (PostScript format)
$ dot -Tpng tree.dot -o tree.png    (PNG format)

sklearn.tree.export_graphviz — scikit-learn 0.19.2 documentation

とドキュメントに説明がある通りの操作をすることです(Graphviz(紛らわしいことにpythonモジュールのgraphvizとはまた別物)が環境に入ってなかったら、適当に入れてください。macなら$ brew install graphvizとかでいけるらしいです(未確認))。

このコマンドをsubprocess.call()あたりを使って自動で打つようにすれば、pythonプログラムの実行でpngとかが吐かれるようになります。

pythonの中だけでやるなら、

with open("hogetree.dot") as f:
    s=f.read()
g = graphviz.Source(s, format="png")
g.render("hogetree.png")

こんな感じでできます。どちらにせよGraphvizは入れないと動きませんけど。

参考:
API Reference — graphviz 0.8.4 documentation  #source

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