pythonでの結果をexcelに出力する方法

1, デバックしていませんがコードを見て原因はfor i in range(1,9):だと思います。
一般名称.xlsxの行を取得するためのindexと
URL_DATA.xlsxに出力するための行番号(index)で使い回しを行っているからかと。
別の変数としてください。
行単位に出力するならば、listにtupleで格納するのも良いのでは。

2, 日付が各行に出力されない原因は以下のインデントが一段深いです。

time.sleep(2)
time_data = datetime.datetime.today()

ws['A'+str(i)].value = time_data

追記・修正依頼欄に書ききれないので。

a. 初心者の方に多いのですが、質問者さんのように処理を一つの関数にどんどん追加していく人が多いです。
これをしてしまうとなんらかの問題がソースコードに発生したときに、
どこの処理が問題なのかの原因の切り分けが不可能になりやすいです。
今回の件は出力の問題なのでスクレイピングはほぼ関係ないですよね。
でも同じ関数内に書いてしまうとほぼなのでもしかしたら関係あるかもで調査する必要があります。
対策としては適度な関数分割です。

スクレイピングをして、HTMLを取得する部分のコードは以下のようにできます。
こうすることでスクレイピングの処理は関数内で閉じているので、該当の処理は意識しなくても良くなります。

def get_content(word):
    """
    スクレイピングする。
    :param word 検索キーワード
    :return スクレイピング結果(HTML)とURL
    ※ chromedriver.exe をCドライブ直下に置くこと。
    """
    driver = webdriver.Chrome(r'C:\/chromedriver.exe')
    driver.get("https://www.pmda.go.jp/PmdaSearch/kikiSearch/")
    # id検索
    elem_search_word = driver.find_element_by_id("txtName")
    elem_search_word.send_keys(word)
    # name検索
    elem_search_btn = driver.find_element_by_name('btnA')
    elem_search_btn.click()
    change_window(driver)

    # print(driver.page_source)
    html = driver.page_source
    cur_url = driver.current_url
    return html, cur_url

html, cur_url = get_content(word)

一般名称.xlsxから検索キーワードを取得する部分は以下のように（未テスト）

def get_search_keyword():
    """
    エクセルファイルを開き、検索キーワードを取得する。
    """
    # テスト用
    #yield "血液照射装置"
    #yield "放射性医薬品合成設備"
    from contextlib import closing
    with closing(op.load_workbook('一般名称.xlsx')) as wb:
        for i in range(1, 9):
            ws = wb.active
            yield ws['A' + str(i)].value

for i, word in enumerate(get_search_keyword(), start=1):

b, 次に一般名称.xlsxやURL_DATA.xlsxのファイルが回答者の環境には無いため実行再現しずらいです。
適当なサンプルデータを質問文に追記していただくか。
もしくはウィンドウズ環境にしかないxlsxではなく汎用性のあるデータ構造csv形式など。

この質問はリストに質問文の画像のような形で値を格納したいとも言いかえれます。
こちらなら環境を選ばないので回答が付きやすいかと。

◇不具合
2列目にFalseが出力される原因はこのコードですね。
has_pdf_linkがBool型で値がFalseが設定されています。

if not has_pdf_link:
        print('False')
        ws['B'+str(i)].value = has_pdf_link

試しにseleniumとopenpyxlを使わないように出力はリストになるように書き換えてみました。

# -*- coding: utf-8 -*-
from bs4 import BeautifulSoup
from urllib.parse import urljoin
import datetime
import time
#import openpyxl as op


def get_content(word: str):
    return """
    <table class="SearchResultTable" id="ResultList">
    <tbody><tr>
        <th scope="col" style="width:13em" nowrap="">一般的名称</th>
        <th scope="col" style="width:15em" nowrap="">販売名</th>
        <th scope="col" style="width:15em" nowrap="">製造販売業者等</th>
        <th scope="col" style="width:13em" nowrap="">添付文書</th>
        <th scope="col" style="width:13em" nowrap="">改訂指示<br />反映履歴</th>
        <th scope="col" style="width:13em" nowrap="">審査報告書／<br />再審査報告書等</th>
        <th scope="col" style="width:13em" nowrap="">緊急安全性情報</th>
    </tr>
    <tr class="TrColor01">
        <td><div><a target="_blank" href="/PmdaSearch/kikiDetail/GeneralList/20500BZZ00241000_A_01">血液照射装置</a></div></td>
        <td><div>日立Ｘ線照射装置 ＭＢＲ−１５２０Ａ−ＴＷ</div></td>
        <td><div>製造販売／株式会社 日立メディコ</div></td>
        <td><div><a href="javascript:void(0)" onclick="detailDisp(&quot;PmdaSearch&quot; ,&quot;650053_20500BZZ00241000_A_01_01&quot;);">HTML</a><br /><a target="_blank" href="/PmdaSearch/kikiDetail/ResultDataSetPDF/650053_20500BZZ00241000_A_01_01">PDF (2007年12月19日)</a></div></td>
        <td></td>
        <td></td>
        <td></td>
    </tr>
    </tbody></table>
    """, "https://www.pmda.go.jp/PmdaSearch/kikiSearch/"


def get_search_keyword():
    # テスト用
    yield "血液照射装置"
    yield "放射性医薬品合成設備"


def parse(soup, cur_url: str):
    """
    スクレイピング結果を解析
    """
    for a_tag in soup.find_all('a'):
        link_pdf = (urljoin(cur_url, a_tag.get('href')))
        # link_PDFから文末がpdfと文中にPDFが入っているものを抽出
        if (not link_pdf.lower().endswith('.pdf')) and ('/ResultDataSetPDF/' not in link_pdf):
            continue
        if 'searchhelp' not in link_pdf:
            yield True, link_pdf


def main():
    for i, word in enumerate(get_search_keyword(), start=1):
        html, cur_url = get_content(word)
        soup = BeautifulSoup(html, 'html.parser')
        output = []
        time_data = datetime.datetime.today()
        for has_pdf_link, link_pdf in parse(soup, cur_url):
            output.append([time_data, link_pdf, word])
            print(link_pdf)

        print(output)


if __name__ == "__main__":
    main()

以下のFalseの仕様がよく分かりませんでしたので、その部分がうまく実装できてないですがいますが。
質問文の画像を見る限りこういうふうに出力したいのでしょうか。

if not has_pdf_link:
    print('False')
    ws['B'+str(i)].value = has_pdf_link

    time.sleep(2)
    time_data = datetime.datetime.today()

    ws['A'+str(i)].value = time_data

# -*- coding: utf-8 -*-
from selenium import webdriver
from selenium.webdriver.common.by import By
from selenium.webdriver.support.ui import WebDriverWait
from urllib import request
from bs4 import BeautifulSoup
import requests
from urllib.parse import urljoin
import openpyxl as op
import datetime
import time


def change_window(browser):
    all_handles = set(browser.window_handles)
    switch_to = all_handles - set([browser.current_window_handle])
    assert len(switch_to) == 1
    browser.switch_to.window(*switch_to)


def get_content(word):
    """
    スクレイピングする。
    :param word 検索キーワード
    :return スクレイピング結果(HTML)とURL
    ※ chromedriver.exe をCドライブ直下に置くこと。
    """
    driver = webdriver.Chrome(r'C:\/chromedriver.exe')
    driver.get("https://www.pmda.go.jp/PmdaSearch/kikiSearch/")
    # id検索
    elem_search_word = driver.find_element_by_id("txtName")
    elem_search_word.send_keys(word)
    # name検索
    elem_search_btn = driver.find_element_by_name('btnA')
    elem_search_btn.click()
    change_window(driver)

    # print(driver.page_source)
    html = driver.page_source
    cur_url = driver.current_url
    return html, cur_url


def get_search_keyword():
    """
    エクセルファイルを開き、検索キーワードを取得する。
    """
    # テスト用
    #yield "血液照射装置"
    #yield "放射性医薬品合成設備"
    from contextlib import closing
    with closing(op.load_workbook('一般名称.xlsx')) as wb:
        for i in range(1, 9):
            ws = wb.active
            yield ws['A' + str(i)].value


def parse(soup, cur_url: str):
    """
    スクレイピング結果を解析
    """
    for a_tag in soup.find_all('a'):
        link_pdf = (urljoin(cur_url, a_tag.get('href')))
        #print(link_pdf)
        # link_PDFから文末がpdfと文中にPDFが入っているものを抽出
        if (not link_pdf.lower().endswith('.pdf')) and ('/ResultDataSetPDF/' not in link_pdf):
            continue
        if 'searchhelp' not in link_pdf:
            yield True, link_pdf


def output_excel(output:list, row_index: int):
    """
    エクセルに出力する。
    :param output 行データ
    :param row_index 出力するための開始行
    """
    #wb = op.load_workbook('URL_DATA.xlsx')
    #ws = wb.active
    print("#" * 50)
    for i, (time_data, link_pdf, word_col) in enumerate(output, start=row_index):
        print(i , time_data, link_pdf,word_col)
        # ここにエクセルの設定処理を

    #wb.save('URL_DATA.xlsx')

def main():
    START_ROW = 0
    row_index = 1
    for word in get_search_keyword():
        html, cur_url = get_content(word)
        soup = BeautifulSoup(html, 'html.parser')
        output = []
        time_data = datetime.datetime.today()
        for i, (has_pdf_link, link_pdf) in enumerate(parse(soup, cur_url), start=START_ROW):
            word_col = ""
            if i == START_ROW:
                word_col = word
            output.append([time_data, link_pdf, word_col])

        output_excel(output, row_index)
        row_index += len(output)


if __name__ == "__main__":
    main()