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CSVファイルの読み込み、”[FATAL] failed to allocate memory”

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RybyMineでCSVファイルを読み込もうとしていますが、次のようなエラーが出てしまいます。

”[FATAL] failed to allocate memory”

PCのメモリ容量が少ないせいだと思い、メモリ8GBのVPSをレンタルし同様なことを試しましたが、
やはり同じエラーが出てしましました。

CSVファイルのサイズを変えて試したところ次の様になりました。
-CSVファイルのサイズ:40,000KB (5万行/100列) -> 処理可能
-CSVファイルのサイズ:60,000KB (7万行/100列) -> エラーで処理不可

この場合の処理としてDBMクラスを使うしかないのでしょうか?
DBMクラスは少しハードルが高いように感じ初心者には難しいかと思っております。。

サンプルコードなど教えて頂けるとありがたいです。

require 'csv'

kakaku= Hash.new{|h,k| h[k]=[]}
CSV.foreach("data/all.csv", headers: true) do |row|
  kakaku[row["Timestamp"]] << row
end

search = "20190101"
put kakaku[search]

# このれを実行すると[FATAL] failed to allocate memory”になる
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kakaku = GDBM.open('filename', 0664, GDBM::NEWDB)
すれば、以降は、キー、データともに文字列でなければならないという制限付きで、kakaku = {}したのと同じように使えます。キーはともかく、データが文字列という制限は面倒ですね。

また、{|h,k| h[k]=[]}相当の機能は無い(未定義値はnil固定)ので、その考慮も必要。

文字列との相互変換はMarshalを使いました。機械的に書き直せるので、難しくはないです。

require "gdbm"
require "csv"

kakaku = GDBM.open("filename",0664,GDBM::NEWDB)

CSV.foreach("data/all.csv", headers: true) do |row|
  key = row["Timestamp"]
  kakaku[key] ||= Marshal.dump([])
  kakaku[key] = Marshal.dump( Marshal.load(kakaku[key]) << row )
end

search = "20190101"
p Marshal.load( kakaku[search] )

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  • 2018/07/22 13:03

    ありがとうございます!無事にやりたいことができ、問題なく動作しました。
    理解のために確認させていただきたいのですが、
    ”Marshal”を使う意味は、データベースは文字列にしか対応していないので、参照データを文字列に固定するため、でしょうか?
    また、GDBM.open("filename",0664,GDBM::NEWDB)の ”0664” は何の命令でしょうか?
    データベースのモードを指定していて、デフォルトは0666だそうですが、何を意図して0664や0666を指定する必要があるのでしょうか?

    キャンセル

  • 2018/07/27 21:45

    > ”Marshal”を使う意味は、
    はい。その通り。数値、文字列、配列、ハッシュくらいであれば、JSONでもYAMLでもいいのですが、Marshalを使うと大部分のオブジェクトがそのまま保存・復元できると思います。

    > ”0664” は何の命令でしょうか?
    それはファイルのパーミッション(アクセス許可)です。0666 は誰でも読み書きできる。0664 は所有者と、所有グループの人のみ書き込め、それ以外の人は読めるが書けない。
    状況によっては、0600 を指定する必要があるでしょう。

    キャンセル

  • 2018/08/01 17:30

    丁寧にいつもありがとうございます。大変勉強になりました!ありがとうございます。

    キャンセル

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kakakuにデータを全部読み込むようなことはせず、見つけたデータをその都度出力しましょう。

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