サーブレットでAWSのMySQLに接続できません

Question

AWSのRDSにMySQLをインストールして
サーブレットでMySQLに接続したいのですが、
できない状況です。

環境はMac OS X 10.9でeclipse Luna 4.4を用いて開発をおこなっており、
localhostからRDSのMySQLへ接続しようとしています。

その時のサーブレットのコードは以下のとおりです。

private Connection connect = null;
	private String url =
			"jdbc:mysql://インタンス名.cvwnt4utponq.ap-northeast-1.rds.amazonaws.com:3306/データベース名";
	private String user = "ユーザー名"; // ユーザー名
	private String password = "パスワード"; // パスワード
	
	// SQLに接続するメソッド
		public void connect() throws Exception {
			Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
			// .newInstance()
			connect = DriverManager.getConnection(url, user, password);
		}
		
		// SQLを切断するメソッド
		public void close() {
			try {
				connect.close();
			} catch (Exception e) {
				e.printStackTrace();
			}
		}

---

追記

28-Jul-2015 00:18:30.029 INFO [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.HostConfig.undeploy Undeploying context [/EGlunch]
28-Jul-2015 00:18:30.041 WARNING [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.loader.WebappClassLoaderBase.clearReferencesJdbc The web application [EGlunch] registered the JDBC driver [com.mysql.jdbc.Driver] but failed to unregister it when the web application was stopped. To prevent a memory leak, the JDBC Driver has been forcibly unregistered.
28-Jul-2015 00:18:30.050 WARNING [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.loader.WebappClassLoaderBase.clearReferencesThreads The web application [EGlunch] appears to have started a thread named [Abandoned connection cleanup thread] but has failed to stop it. This is very likely to create a memory leak. Stack trace of thread:
 java.lang.Object.wait(Native Method)
 java.lang.ref.ReferenceQueue.remove(ReferenceQueue.java:143)
 com.mysql.jdbc.AbandonedConnectionCleanupThread.run(AbandonedConnectionCleanupThread.java:43)
28-Jul-2015 00:18:30.057 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/usr/share/tomcat8/work/Catalina/localhost/EGlunch] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.058 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.delete [/usr/share/tomcat8/work/Catalina/localhost/EGlunch] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.058 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/META-INF] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.058 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF/classes/fb] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.059 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF/classes/mail] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.059 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF/classes/search] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.059 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF/classes/dao] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.060 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF/classes/offer] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.060 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF/classes/beans] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.061 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF/classes/tomorrowlunch] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.063 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF/classes/message] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.063 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF/classes/profile] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.064 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF/classes] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.064 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF/lib] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.071 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/WEB-INF] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.071 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/js] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.072 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/css] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.072 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/fonts] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.073 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/image/images/images] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
28-Jul-2015 00:18:30.074 SEVERE [ContainerBackgroundProcessor[StandardEngine[Catalina]]] org.apache.catalina.startup.ExpandWar.deleteDir [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch/image/images] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
・・・

28-Jul-2015 00:18:30.108 SEVERE [localhost-startStop-2] org.apache.catalina.startup.ContextConfig.beforeStart Exception fixing docBase for context [/EGlunch]
 java.io.IOException: [/var/lib/tomcat8/webapps/EGlunch] could not be completely deleted. The presence of the remaining files may cause problems
	at org.apache.catalina.startup.ExpandWar.expand(ExpandWar.java:109)
	at org.apache.catalina.startup.ContextConfig.fixDocBase(ContextConfig.java:618)
	at org.apache.catalina.startup.ContextConfig.beforeStart(ContextConfig.java:744)
	at org.apache.catalina.startup.ContextConfig.lifecycleEvent(ContextConfig.java:307)
	at org.apache.catalina.util.LifecycleSupport.fireLifecycleEvent(LifecycleSupport.java:117)
	at org.apache.catalina.util.LifecycleBase.fireLifecycleEvent(LifecycleBase.java:90)
	at org.apache.catalina.util.LifecycleBase.setStateInternal(LifecycleBase.java:402)
	at org.apache.catalina.util.LifecycleBase.start(LifecycleBase.java:147)
	at org.apache.catalina.core.ContainerBase.addChildInternal(ContainerBase.java:725)
	at org.apache.catalina.core.ContainerBase.addChild(ContainerBase.java:701)
	at org.apache.catalina.core.StandardHost.addChild(StandardHost.java:717)
	at org.apache.catalina.startup.HostConfig.deployWAR(HostConfig.java:945)
	at org.apache.catalina.startup.HostConfig$DeployWar.run(HostConfig.java:1768)
	at java.util.concurrent.Executors$RunnableAdapter.call(Executors.java:511)
	at java.util.concurrent.FutureTask.run(FutureTask.java:266)
	at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1142)
	at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:617)
	at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

以後もエラーが続きます。

Answer 1

mysqlコマンドであればローカルPCからRDSに接続できるのであれば、
ローカルPC側で何か起きているのではないかと思います。

このソースコードを切り出して、mainでMySQLに接続するだけのJavaクラスを作って、
単体で動かすとどうでしょうか？

Comments

[Sfidante]

ご回答ありがとうございます。

mainで接続だけのクラスを作って試してみましたが、
connect = DriverManager.getConnection(url, user, password);
の部分で引っかかってしまい、
データベースに接続できませんでした。

[eripong]

引っかかるというのは、
同じ例外、同じエラーメッセージでしょうか？
少しでも違っていれば、念のためここに貼っていただけないでしょうか？

[Sfidante]

迅速な回答有難うございます。

結論から申し上げますとエラーメッセージは違うものでした。
念のため、下記にその時のコードを記載し、
質問にその時のエラーメッセージを記載いたします。

public static void main(String[] args) {
try{
Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
String url =
"jdbc:mysql://インスタンス名.cvwnt4utponq.ap-northeast-1.rds.amazonaws.com:3306/データベース名";
String user = "ユーザー名"; // ユーザー名
String password = "パスワード"; // パスワード
Connection connect = DriverManager.getConnection(url, user, password);
System.out.println("成功");
connect.close();
}catch(Exception e){
e.printStackTrace();
System.out.println("例外" + e);
}
}

上記のように行うと、
Connection connect = DriverManager.getConnection(url, user, password);
のところで処理が止まってしまいました。

[eripong]

不要になったのでコメントを削除します。

[Sfidante]

ご指摘ありがとうございます。
うっかりしていました。

[eripong]

エラーメッセージが表示されるのは、実行してすぐでしょうか？
それとも何秒後かでしょうか？

URLに以下の様な接続タイムアウト設定を入れてから試したらどうでしょうか？
jdbc:mysql://インタンス名.cvwnt4utponq.ap-northeast-1.rds.amazonaws.com:3306/データベース名?connectTimeout=60000

また、接続できるという他のサーバのMySQLへは、
同様のコードで接続できるでしょうか？

ローカルのセキュリティソフトも、疑いたくなってしまいます。
一時的にでもOFFにできないでしょうか？

質問多く、すみません。

[Sfidante]

＞エラーメッセージが表示されるのは、実行してすぐでしょうか？
＞それとも何秒後かでしょうか？
エラーメッセージは数分経ってから表示されます。
コマンドプロンプトで
telnet host名 3306を行うと、
telnet: connect to address IPアドレス: Operation timed out
telnet: Unable to connect to remote host
といった出力があるので、
タイムアウトのために表示されないのですが、
その原因と対処法がいまいちわからない状況です。

＞URLに以下の様な接続タイムアウト設定を入れてから試したらどうでしょうか？
＞jdbc:mysql://インタンス名.cvwnt4utponq.ap-northeast-1.rds.amazonaws.com
＞:3306/データベース名?connectTimeout=60000
画面ではエラーとしてのページに遷移いたしますが、
エラーメッセージはコンソールには表示されません。

＞また、接続できるという他のサーバのMySQLへは、
＞同様のコードで接続できるでしょうか？
書き方が紛らわしくて申し訳ありません。
こちらはEC2のtomcatサーバー等は
問題なく接続できていると言う意味で、
他のサーバーのMySQLへは接続しておりません。
ローカルのMySQLへは
jdbc:mysql://localhost/データベース名
で接続出来ました。

＞ローカルのセキュリティソフトも、疑いたくなってしまいます。
＞一時的にでもOFFにできないでしょうか？
一度OFFにしてから行いましたが、同様の結果となりました。

[eripong]

え、telnetでつながらないのにmysqlコマンドでつながるのですか？

[Sfidante]

勘違いしていたらすみません。
mysqlコマンドとは
mysql -h エンドポイント -u ユーザー名 -p パスワード
で間違いないでしょうか？

[eripong]

はい。
その認識です。

[Sfidante]

だとしましたら、
mysqlコマンドではデータベースに接続できます。
これはおかしなことなのでしょうか？

[eripong]

あ、こちらの勘違いかもしれませんが、
ローカルPCにあるmysqlコマンドで接続できるということでよいでしょうか？

[Sfidante]

EC2に入ったあとに、
mysqlコマンド接続しています。

[eripong]

失礼しました。
勘違いしていました。

http://sekai.hateblo.jp/entry/2013/07/13/192846
ここを見ると、接続元のIPアドレスを指定する必要があるようですが
指定されていますでしょうか？

[Sfidante]

セキュリティグループのことでしょうか？
現状の設定といたしまして、
RDSのセキュリティグループは
インバウンドに
ポート番号3306で送信元を10.0.0.0/8
アウトバウンドに
ポート番号すべてで送信先を0.0.0.0/0にしており、
問題はないと思っております。

[eripong]

コメントありがとうございます。
セキュリティグループについて了解です。

バラバラと申し訳ないです。

まとめきれていませんが、
http://ameblo.jp/necoit/entry-11864231842.html
にあるような、Publicly Accessibleの設定はされたでしょうか？

[Sfidante]

何度もお付き合いいただきありがとうございます。
確認いたしましたところ、
参考ページに書かれていることに関しましては、
設定されておりました。

[TaichiYanagiya]

> ポート番号3306で送信元を10.0.0.0/8
送信元はNATされてグローバルIPアドレスになるのではないですか？
AWS Management Console で Security Group を編集するときに、「マイ IP」を選択すると、NAT後のグローバルIPアドレスが設定されます。

[Sfidante]

ご回答ありがとうございます。
送信元を0.0.0.0/0にしてみましたが、
結果は変わりませんでした。
0.0.0.0/0にすると全IPアドレスになりますよね？

[TaichiYanagiya]

はい、0.0.0.0/0 で全IPアドレスになります。おかしいですね。
RDS インスタンスは「パブリックアクセス可能」が「はい」になっていますよね？
RDS は VPC 内に作成していると思いますが、Network ACL で禁止していないでしょうか。

[Sfidante]

＞RDS インスタンスは「パブリックアクセス可能」が「はい」になっていますよね？
eripongさんにPublicly Accessibleの設定について聞かれた時に設定されているとお応えしたのですが、
パブリックアクセス可能は「いいえ」になっておりました。
調べたところ、同じVPC内であれば「いいえ」でよいということで、
なおかつセキュリティに関してもよいということで、「いいえ」にしておりました。
現状、ネットワークACL IDでEC2のVPCとRDSのVPCが関連付けはしてあります。

＞RDS は VPC 内に作成していると思いますが、Network ACL で禁止していないでしょうか。
ネットワークACLはインバウンドもアウトバウンドも許可してあります。

[eripong]

そうすると、直接はつながらないと思いますので、
SSHでポートフォワードする方法で試してはどうでしょうか？

Amazon VPC 内の RDS(MySQL) に SSH のポートフォワードを利用して接続するメモ | cloudpack技術情報サイト
http://blog.cloudpack.jp/2014/12/16/connect-to-amazon-rds-mysql-in-vpc-with-ssh-portforward/

[TaichiYanagiya]

EC2インスタンスからは接続できて、手元のMACからは接続できないということですよね？
「パブリックアクセス可能」が「いいえ」ということは、手元のMACから RDS への経路は VPN または DirectConnect なのでしょうか。

[Sfidante]

eripongさん、TaichiYanagiyaさんありがとうございます。
localからですと、EC2へVPCで接続後、RDSへの関連付けが必要ということなので、
とりあえず、EC2サーバーへデプロイをして
ドメインを利用してのアクセスをおこなってみましたが、
同様に失敗いたしました。

そして、/var/log/tomcat8/catalina.outでログを見たところ
質問の追記のようなエラーでした。
いろいろとエラーが発生していますが、
どれが確信を付くエラーなのかわからない状況です。

[eripong]

質問の追記のような、というのは、
java.net.ConnectException: Operation timed out
のことでしょうか？

色々エラーが発生していると言うことですが、
最初のエラーは何でしょうか？

[Sfidante]

大変失礼いたしました。
うまく追記ができておらず、
只今、追記をいたしました。

JBDCにおけるエラーが最初のようですが、
調べましたところ、
こちらは無視しても構わないようなエラーと思っております。

[eripong]

WebappClassLoaderBase.clearReferencesThreads
は、Tomcatを落とさず再デプロイする際にスレッドが残る問題のようですので、
その場合には再デプロイの度にスレッドが増えてしまい、
問題がありそうです。

が、ここでの問題とは直接関係はないので、対処するにしても別で実施で
良いと思います。

その後のエラーですが、
再デプロイ処理が実行されているようですが、
どの様にデプロイしましたか？

削除できないとでているディレクトリのパーミッションは
どうなっていますか？
Tomcatを落とし、webappsのEGlunchディレクトリを削除してから
Tomcatを立ち上げても、同じエラーが出るでしょうか？

[Sfidante]

ご回答ありがとう御座います。
一緒に開発している人が
VPC周りをいじったところ、
うまくいきました。
ログを残していないため原因がわからないのですが、
申し訳ありません。
皆様、長い間お付き合いいただきありがとうございました。

Answer 2

まず、mysqlコマンドからDBサーバーに接続出来ますか？

mysql -hインタンス名.cvwnt4utponq.ap-northeast-1.rds.amazonaws.com -uユーザー名 -pパスワード

これが無理な場合、サーブレット以前の問題となります。
ありがちなのは、以下でしょうか。

• ファイアウォールやプロキシでブロックされている
• AWSの「SecurityGroup」-「inbound」に3306ポートが設定されていない

参考サイト
http://dialogiquenote.tumblr.com/post/105100706239/rds-wordpress

Comments

[Sfidante]

ご回答ありがとう御座います。

＞まず、mysqlコマンドからDBサーバーに接続出来ますか？
コマンドでは接続できます

＞ファイアウォールやプロキシでブロックされている
ファイアウォールに関しましては、
他のサーバー等は問題なく接続ができているためブロックされていないと思っております。
プロキシに関しては
http://www.ugtop.com/spill.shtml
で確認いたしまして設定されていないようでした。

＞AWSの「SecurityGroup」-「inbound」に3306ポートが設定されていない
確認いたしましたが、セキュリティグループのインバウンドで3306が設定されていました。

他に確認すべき項目はございますでしょうか？
よろしくお願いいたします。

[panda_bk]

なるほど。

それではRDS側にエラーログは残っていないでしょうか？
http://blog.serverworks.co.jp/tech/2013/03/05/access-rds-logfiles/

また、同じく「Communications link failure」が出た際に問題解決された方もいる様です。以下、ご参考までに。
http://fa11enprince.hatenablog.com/entry/2015/03/23/011206

[Sfidante]

ご回答ありがとう御座います。

＞それではRDS側にエラーログは残っていないでしょうか？
＞http://blog.serverworks.co.jp/tech/2013/03/05/access-rds-logfiles/
現状、RDSにはログが残っていないようです。

＞また、同じく「Communications link failure」が出た際に問題解決された方もいる様です。
＞以下、ご参考までに。
＞http://fa11enprince.hatenablog.com/entry/2015/03/23/011206
ログが残っていないということで、
上記のページを参考にさせていただき、
接続できるかおこなってみましたが結果は変わりませんでした。

大変申し訳無いのですが、
他に原因は考えられますでしょうか？

Answer 3

こんにちは

コンソールログからはJavaから指定しているMySQLへ接続できなかったことしかわかりません
ソースは問題ないように思えますので
MySQLが停止していないかとかファイアウォールで引っかかっていないかとか
Java以外の要素をもう一度確認していただいた方が良いかと思います

Comments

[Sfidante]

ご回答ありがとう御座います。

panda_bkさんにコメントで申し上げましたとおり、
現状で確認できることはいたしました。
他に確認すべき項目はございますでしょうか？
よろしくお願いいたします。