make でソフトウェアをビルドできない

Question

前提・実現したいこと

バイオインフォマティクス系のソフトウェア（https://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.19/）の
インストールを試みたところ、以下のようなエラーが出てしまい、ビルドできません。
解決法をさがしており、なかなかうまいこといかないので、こちらで質問させていただきました。
OSはmacOS High Sierraです。

$ make
make[2]: Nothing to be done for `lib'.
make[2]: Nothing to be done for `lib'.
make[2]: Nothing to be done for `lib'.
gcc -g -Wall -O2 -o samtools bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o bam_tview_curses.o bam_tview_html.o  libbam.a -Lbcftools -lbcf  -lcurses  -lm -lz -lpthread
gcc -g -Wall -O2 -o bcftools call1.o main.o ../kstring.o ../bgzf.o ../knetfile.o ../bedidx.o -L.  -lbcf -lm -lz -lpthread
make[1]: Nothing to be done for `all'.

INSTALL 注意書き

System Requirements
===================

SAMtools depends on the zlib library <http://www.zlib.net>. Version 1.2.3+ is
preferred and with 1.2.3+ you can compile razip and use it to compress a FASTA
file. SAMtools' faidx is able to index a razip-compressed FASTA file to save
diskspace. Older zlib also works with SAMtools, but razip cannot be compiled.

The text-based viewer (tview) requires the GNU ncurses library
<http://www.gnu.org/software/ncurses/>, which comes with Mac OS X and most of
the modern Linux/Unix distributions. If you do not have this library installed,
you can still compile the rest of SAMtools by manually changing:
`-D_CURSES_LIB=1' to `-D_CURSES_LIB=0' at the line starting with `DFLAGS=', and
comment out the line starting with `LIBCURSES='.


Compilation
===========

Type `make' to compile samtools. If you have zlib >= 1.2.2.1, you can compile
razip with `make razip'.


Installation
============

Copy `samtools', `bcftools/bcftools' and other executables/scripts in `misc' to
a location you want (e.g. a directory in your $PATH). You may also copy
`samtools.1' and `bcftools/bcftools.1' to a directory in your $MANPATH such
that the `man' command may find the manual.

試したこと

zlib がないのかもと思いましたが、あったようです。

$ brew install zlib
Warning: zlib 1.2.11 is already installed and up-to-date
To reinstall 1.2.11, run `brew reinstall zlib`

ちなみにファイルの中身です。

/samtools-0.1.19$ ls
AUTHORS			bam2bcf_indel.c		bam_index.o		bam_rmdup.o		bamshuf.c		cut_target.o		knetfile.h		phase.c			sam_view.c
COPYING			bam2bcf_indel.o		bam_lpileup.c		bam_rmdupse.c		bamshuf.o		errmod.c		knetfile.o		phase.o			sam_view.o
ChangeLog.old		bam2depth.c		bam_lpileup.o		bam_rmdupse.o		bamtk.c			errmod.h		kprobaln.c		razf.c			sample.c
INSTALL			bam2depth.o		bam_mate.c		bam_sort.c		bamtk.o			errmod.o		kprobaln.h		razf.h			sample.h
Makefile		bam_aux.c		bam_mate.o		bam_sort.o		bcftools		examples		kprobaln.o		razf.o			sample.o
Makefile.mingw		bam_aux.o		bam_md.c		bam_stat.c		bedcov.c		faidx.c			kseq.h			razip			samtools
NEWS			bam_cat.c		bam_md.o		bam_stat.o		bedcov.o		faidx.h			ksort.h			razip.c			samtools.1
bam.c			bam_cat.o		bam_pileup.c		bam_tview.c		bedidx.c		faidx.o			kstring.c		razip.o			win32
bam.h			bam_color.c		bam_pileup.o		bam_tview.h		bedidx.o		kaln.c			kstring.h		sam.c
bam.h~			bam_color.o		bam_plcmd.c		bam_tview.o		bgzf.c			kaln.h			kstring.o		sam.h
bam.o			bam_endian.h		bam_plcmd.o		bam_tview_curses.c	bgzf.h			kaln.o			libbam.a		sam.o
bam2bcf.c		bam_import.c		bam_reheader.c		bam_tview_curses.o	bgzf.o			khash.h			misc			sam_header.c
bam2bcf.h		bam_import.o		bam_reheader.o		bam_tview_html.c	bgzip.c			klist.h			padding.c		sam_header.h
bam2bcf.o		bam_index.c		bam_rmdup.c		bam_tview_html.o	cut_target.c		knetfile.c		padding.o		sam_header.o

Answer 1

つmake clean&&make

Comments

[shotaroh]

ご回答ありがとうございました。どうやら、make には成功していたようです。お騒がせいたしました。

Answer 2

メッセージを見る限り、makeには成功しているにもかかわらず何度もmakeをやり直そうとしていて、「もう出来てるんだけど?」と言われているように見えます。実際、samtoolsというファイルは存在しているようじゃないですか。何をもってビルドに失敗したと判断したのですか？

Comments

[KojiDoi]

普通はmake installなんて手順があるのですが、どうもこいつはそこは手作業でやらなければならないようですね。つまり、/usr/local/binなりなんなりpathの通ったディレクトリに実行ファイル（付随してできる関連スクリプト含む）を移してあげないと、使えるようにはならないですよ。

[shotaroh]

頂いた回答を元に、調べたところやはり成功していたようです。
以前別のバージョンの samtools をインストールしておりパスを通しておいたままアンインストールするのをわすれていたようです。
このディレクトリ内で「./samtools」ではな「samtools」で実行してもバージョンか異なっていたため、ビルドが失敗していたと勘違いしていました。
あらためて samtools を実行してみたところ、しっかりと望みのバージョンのもとが実行できていました。
あとはパスを通せばなんとかなりそうです。
ご回答ありがとうございます。

Answer 3

ふつう、解凍したファイル群の中にREADMEファイルが有り、その中にビルド法が書いてあるものです
makeコマンド単体でビルドはできるもんではありません

Comments

[shotaroh]

INSTALL というファイルにビルド方が記載されていました。ありがとうございます。