rootViewControllerを変更するとNavigationControllerが正常に動作しなくなる。

Storyboardを３つに分け、それぞれを順番に画面遷移(A.storyboard -> B.storyboard -> etc..)するシステムを作りました。
途中のstoryboard内で(2つ目)rootViewControllerを変更する必要が生じたので、下記のコードにより変更しました。

swift
1    class SecondViewCont...
2    .
3    .
4    override func viewDidAppear(_ animated: Bool) {
5        super.viewDidAppear(animated)
6        
7        if self.isBeingPresented || self.isMovingToParent {
8            self.change_RootViewController()
9        }
10    }
11
12    .
13    .
14
15    /// rootViewControllerをsecondViewControllerに変更する
16    func change_RootViewController(){
17        let appDelegate = UIApplication.shared.delegate as! AppDelegate
18        appDelegate.window?.rootViewController = self
19    }
20

しかし、この段階でrootViewControllerを変更し、３つ目のstoryboardがNavigationControllerだった場合、NavigationController内で画面遷移をした際にヘッダーがスライドフェードしながら変化するはずが、何も変化しません。
これを解決する方法を教えてください。

詳細説明のため、画像を用意しましたので合わせて確認お願いします。