データをSet#addで押し込んでいくのはいかがでしょうか。
boolean add(E e)
指定された要素がセット内になかった場合、セットに追加します(オプションの操作)。 より正式には、Objects.equals(e, e2)のような要素e2がセットに含まれていない場合、指定された要素eをこのセットに追加します。 このセット内にすでにその要素が含まれている場合、この呼出しはセットを変更せずにfalseを返します。
引用元: Java SE 10 & JDK 10 - java.util.Set#add 太字は引用者。
Java
1import java.util.*;
2
3class Main {
4 public static void main(String[] args) {
5 String src = "AA,BB,CC,DD,BB,AA";
6 String[] data = src.split(",");
7
8 Set<String> set = new HashSet<>();
9 for(String datum: data) {
10 if(!set.add(datum)) {
11 System.out.println(datum + "が重複しています。");
12 }
13 }
14 }
15}
実行結果 Wandbox
plain
1BBが重複しています。
2AAが重複しています。