Github (公開鍵認証) からhttpsでPrivateリポジトリがclone出来ない

前提・実現したいこと

GithubからPrivateリポジトリをcloneしたいです。
Githubには公開鍵認証を設定しています。

TESTというディレクトリがあり、TESTディレクトリ配下には以前cloneしたリポジトリがあります。
該当するリポジトリは当初公開しており、その時にcloneしました。
その後、リポジトリをPrivateに変更して非公開にしましたが、現在もpullとpushは出来ます。

今回新たにWORKというディレクトリを作成し、その配下にPrivateに変更したリポジトリをcloneしたいのですがエラーになります。
エラーの解消方法をご教授頂けないでしょうか。

無関係とは思いますが、GithubのWebサイトへのログインには二段階認証を設定しています。

該当のコマンド

sshによるGithubとの疎通確認は問題ありません

$ ssh -T git@github.com
Enter passphrase for key '/home/hoge_user/.ssh/id_rsa':
Hi hoge_user! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.

httpsでのgit cloneがエラーになります

$ git clone https://github.com/hoge_user/tools.git
Cloning into 'tools'...
Username for 'https://github.com': hoge_user
Password for 'https://hoge_user@github.com':
remote: Invalid username or password.
fatal: Authentication failed for 'https://github.com/hoge_user/tools.git/'

試したこと

既にclone済みのディレクトリではpullもpushも出来ます

$ cat ~/.gitconfig
[user]
	email = hoge@hoge.com
	name = hoge_user

sshではclone出来ます

$ git clone git@github.com:hoge_user/tools.git
Cloning into 'tools'...
Enter passphrase for key '/home/hoge_user/.ssh/id_rsa':
remote: Counting objects: 9, done.
remote: Compressing objects: 100% (5/5), done.
remote: Total 9 (delta 0), reused 9 (delta 0), pack-reused 0
Receiving objects: 100% (9/9), done.