Rails migrationファイルが消えません。助けてください！

AD認証を実装したく、以下のサイトを参考に設定していて問題は起きました。
https://qiita.com/dai0916/items/6c12bf99310d7161dff1

rails g devise User --force で上書きしたはずのmigrationファイルがアクセス権などが「??????」と表示
されます。rake db:migrateができず、何もできない状態で困っています。

最終的に以下のようになりました。
??????のところは、rails g devise User --force　とすると増えます。
migrationファイルは上書きされるのですが、上書き元のデータが????となります。

この??????を削除することをしたいのですが、教えて頂けないでしょうか。

Ruby
1
2[vagrant@xxxxxxx migrate]$ bundle exec rake db:migrate:status
3(in /home/vagrant/data/app)
4
5database: /home/vagrant/data/app/db/development.sqlite3
6
7 Status   Migration ID    Migration Name
8--------------------------------------------------
9   up     20180530123929  Create books
10   up     20180530124246  Create categories
11   up     20180530124656  Create reports
12   up     20180530125013  Create checkouts
13   up     20180531002719  Devise create users
14   up     20180531170237  Add devise to users0
15   up     20180604020203  Add book name to books
16   up     20180604021016  Remove book from books
17   up     20180604135846  Add category id to books
18   up     20180604142902  Add referemce to books
19   up     20180604155404  Remove category id from books
20   up     20180610002803  Add chekin to checkout
21   up     20180610011657  Chenge chekin of checkout
22   up     20180610034529  Add chekin to checkout2
23   up     20180610034745  Add chekin complete to checkout
24   up     20180612105503  Drop table users
25  down    20180613024604  Add devise to users
26  down    20180613040044  Create tests
27  down    20180613044552  Add devise to users
28  down    20180613062702  Add devise to users
29
30[vagrant@xxxxx migrate]$ ll
31ls: 20180613024604_add_devise_to_users.rb にアクセスできません: プロトコルエラー
32ls: 20180613044552_add_devise_to_users.rb にアクセスできません: プロトコルエラー
33ls: 20180613062702_add_devise_to_users.rb にアクセスできません: プロトコルエラー
34合計 12
35-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  377  6月  6 20:25 20180530123929_create_books.rb
36-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  170  5月 30 22:11 20180530124246_create_categories.rb
37-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  265  6月  5 01:41 20180530124656_create_reports.rb
38-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  254  5月 30 22:27 20180530125013_create_checkouts.rb
39-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant 1622  6月 13 16:16 20180531002719_devise_create_users.rb
40-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant 1946  6月 13 16:16 20180531170237_add_devise_to_users.rb
41-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  162  6月  4 11:06 20180604020203_add_book_name_to_books.rb
42-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  149  6月  4 11:12 20180604021016_remove_book_from_books.rb
43-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant   82  6月  4 23:24 20180604135846_add_category_id_to_books.rb
44-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant   80  6月  4 23:33 20180604142902_add_referemce_to_books.rb
45-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  119  6月  5 01:40 20180604155404_remove_category_id_from_books.rb
46-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  127  6月 10 09:28 20180610002803_add_chekin_to_checkout.rb
47-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  176  6月 10 10:18 20180610011657_chenge_chekin_of_checkout.rb
48-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  115  6月 10 12:47 20180610034529_add_chekin_to_checkout2.rb
49-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  140  6月 10 12:47 20180610034745_add_chekin_complete_to_checkout.rb
50-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant   97  6月 13 11:05 20180612105503_drop_table_users.rb
51-????????? ? ?       ?          ?             ? 20180613024604_add_devise_to_users.rb
52-rwxrwxrwx 1 vagrant vagrant  131  6月 13 13:00 20180613040044_create_tests.rb
53-????????? ? ?       ?          ?             ? 20180613044552_add_devise_to_users.rb
54-????????? ? ?       ?          ?             ? 20180613062702_add_devise_to_users.rb
55[vagrant@xxxxx migrate]$ rm 20180613024604_add_devise_to_users.rb
56rm: `20180613024604_add_devise_to_users.rb' を削除できません: プロトコルエラー
57[vagrant@xxxxx migrate]$ rm -f 20180613024604_add_devise_to_users.rb
58rm: `20180613024604_add_devise_to_users.rb' を削除できません: プロトコルエラー
59[vagrant@xxxxx migrate]$
60