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pythonシェル(ipython)による実行とスクリプトによる実行の違いについて

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onomu-

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 前提・実現したいこと

初めて投稿させていただく初心者のものです。至らぬ点も多いかとは思いますがよろしくお願いします。
実現したい事を端的に申し上げますと
データベースにアクセス
→データベースから特定の情報群Aを取得→情報群Aの中から特定の情報A'をリスト形式で取得
→他の情報群B,C,…に対してもB',C'を獲得し辞書形式{A:A',B:B',C:C',…}で保存する
という流れです。

 発生している問題・エラーメッセージ

pythonのBioPDBと呼ばれるライブラリを利用して特定の情報Y'を取得しようとしたのですが、
スクリプトを起動させたところlist.appendを行う際に値の取得に失敗し、TypeErrorを起こしてしまいました。
ここで、以下の事を試しました。
①他の情報群Xで試す→成功
②失敗した情報群Yをpythonシェル(ipython)で分割して実行→成功

以上の事を踏まえると自分のスクリプトが特定のデータに対応していない事が考えられるのですが、どの部分が原因なのかが全く分かりません。そこで、②の結果がヒントになるように思えるのですが…
どなたか、スクリプトでまとめて実行する場合とpythonシェル(ipython)で数行ずつ実行(for文の塊レベル)する場合の動作の違いを教えて頂けますでしょうか?
list.append()が成功しないからには、ミュータブルなオブジェクトである事が関係している気はしています。
ヒントとなりそうな事でも良いので、どなたかアドバイスして頂けたら助かります。

表示されるErrormessageは
TypeError: unsupported operand type(s) for 'NoneType' + 'NoneType'
です。

 該当のソースコード

resiseq = []
cs = []
for model in structure.get_list():
    for chain in model.get_list():
        for residue in chain.get_list():
            if residue.get_resname() in aminopool:
                resiseq.append(residue.get_resname())☜ここは上手くいきます
        if cs == []:
            for residue in chain.get_list():
                if residue.get_resname() in aminopool:                    
                    coor = []
                    xsum = 0
                    ysum = 0
                    zsum = 0
                    for atom in residue.get_list():
                        coor.append(atom.get_coord())☜ここから上手くいきません([]のままです)
                        xsum += coor[-1][0]
                        ysum += coor[-1][1]
                        zsum += coor[-1][2]
                    resix = xsum/len(coor)
                    resiy = ysum/len(coor)
                    resiz = zsum/len(coor)
                    resicoor.append([resix,resiy,resiz])
                    del coor    #1度消さなければ上手くappend出来ないため!
            cs.append(resiseq)
            del resiseq
            resiseq = []
#Errormessageについて尋ねられたのでErrorが生じる場所まで追記します。該当する部分が分からないためにコードが長くなってしまい申し訳ありません
maxx = None
maxy = None
maxz = None
minx = None
miny = None
minz = None
for c in resicoor:
    x = c[0]
    y = c[1]
    z = c[2]
    try:
        if x > maxx:
            maxx = x
        if x < minx:
            minx = x
        if y > maxy:
            maxy = y
        if y < miny:
            miny = y
        if z > maxz:
            maxz = z
        if z < minz:
            minz = z
    except TypeError:
        maxx = x
        minx = x
        maxy = y
        miny = y
        maxz = z
        minz = z
point = [(maxx + minx)/2,(maxy+miny)/2,(maxz+minz)/2]
👆ここでTypeError: unsupported operand type(s) for 'NoneType' + 'NoneType'が生じます。

例外処理がしっかりなされていた場合、xやyがNonetypeでない限りこのような事にはならないと思いxやyに値を代入する前の元のリストresicoorを見ると[]になっていたため、ここに原因があると思っていたのですが…
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  • tachikoma

    2018/05/31 21:06

    エラーメッセージ追記しといてもらえます?

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  • onomu-

    2018/06/01 11:31

    追記いたしました。指摘して下さりありがとうございます

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回答 1

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テキストスクリプトでまとめて実行する場合とpythonシェル(ipython)で数行ずつ実行(for文の塊レベル)する場合の動作の違い

なんて基本的にはないんですけど・・・インデントがずれた、コードを打ち間違えた、pythonのバージョンが違ってた等の事態が発生した可能性が濃厚なのでは。

あと、数行ずつ実行というのはよくわかりません。ぜんぶネストされているので、forの塊ごとに切り分けるなんてことはできないと思いますが・・・。

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  • 2018/06/01 11:28

    数行ずつ実行というのは
    ipythonにおいて
    In[116]: for j in list1:
    for i in factor1:
    list2.append(i)
    print(i)
    Out[116]: iの羅列
    というように複数の行を1度にinputするという事を表現したくて使いました。
    言葉の表現が至らず申し訳ありません。
    他の情報群Xでは自分が欲しいデータを獲得する事が出来たので、pythonのバージョンが違っていたという可能性は無いとは思いますが、コードの打ち間違えで自分が思っていたのとは違う動作をもたらしていた可能性は否めないのでよく検討してみたいと思います。
    アドバイスありがとうございます。

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