MonacaLocalkitで外部のプラグインをアップロードしたい

Question

Monaca Localkitから外部プラグインを含んだプロジェクトをアップロードした際に、
下記の問題が発生します。

• アップロード後にクラウド側の外部プラグインのファイル、ディレクトリが一部削除された状態でアップロードされる。
• 再度アップロード後に、クラウド側の一部ファイルやディレクトリが復元されるが、もともとあったファイル等が削除されたりする。
• アップロード時に参考画像の様な詳細不明なエラーが返される。
• アップロード時に、意図せずローカル側の外部プラグインのファイルやディレクトリが削除される。

（毎回Gitにて削除操作を破棄して回避している）

• Localkitの「設定」や「リモートビルド」を実行するこで数回に1回ほど、正常にアップロードされる。
• リモート側のプロジェクトを削除して、ローカル側から「リモートビルド」を実行した場合、

　クラウド側に同一のプロジェクトが2つアップロードされる

利用している外部プラグインは
cordova-plugin-crypt-file
https://github.com/tkyaji/cordova-plugin-crypt-file

のみです。

どのようにしたら、外部プラグインを利用したプロジェクトを正常にアップロードすることができるでしょうか。

よろしくお願いいたします。