DjangoでMySQLに接続したい

前提・実現したいこと

ここに質問の内容を詳しく書いてください。
さくらのVPS上で、Qiitaに手順のログを記しながら、簡単なデータベースアプリケーションを作ろうとしています

発生している問題・エラーメッセージ

「python manage.py makemigrations」のところでエラーが出てきます。
エラーの原因はPyMySQLで間違いなさそうですが、原因の領域の切り分けができない...

[op@ik1-336-28225 pj1]$ python manage.py makemigrations app1
Traceback (most recent call last):
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 216, in ensure_connection
    self.connect()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 194, in connect
    self.connection = self.get_new_connection(conn_params)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/mysql/base.py", line 236, in get_new_connection
    return Database.connect(**conn_params)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pymysql/__init__.py", line 90, in Connect
    return Connection(*args, **kwargs)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 699, in __init__
    self.connect()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 935, in connect
    self._get_server_information()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 1249, in _get_server_information
    packet = self._read_packet()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 1005, in _read_packet
    % (packet_number, self._next_seq_id))
pymysql.err.InternalError: Packet sequence number wrong - got 45 expected 0

The above exception was the direct cause of the following exception:

Traceback (most recent call last):
  File "manage.py", line 15, in <module>
    execute_from_command_line(sys.argv)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/__init__.py", line 371, in execute_from_command_line
    utility.execute()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/__init__.py", line 365, in execute
    self.fetch_command(subcommand).run_from_argv(self.argv)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/base.py", line 288, in run_from_argv
    self.execute(*args, **cmd_options)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/base.py", line 332, in execute
    self.check()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/base.py", line 364, in check
    include_deployment_checks=include_deployment_checks,
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/core/management/base.py", line 351, in _run_checks
    return checks.run_checks(**kwargs)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/core/checks/registry.py", line 73, in run_checks
    new_errors = check(app_configs=app_configs)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/core/checks/model_checks.py", line 27, in check_all_models
    errors.extend(model.check(**kwargs))
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/models/base.py", line 1200, in check
    errors.extend(cls._check_fields(**kwargs))
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/models/base.py", line 1272, in _check_fields
    errors.extend(field.check(**kwargs))
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/models/fields/__init__.py", line 894, in check
    errors = super().check(**kwargs)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/models/fields/__init__.py", line 206, in check
    errors.extend(self._check_backend_specific_checks(**kwargs))
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/models/fields/__init__.py", line 303, in _check_backend_specific_checks
    return connections[db].validation.check_field(self, **kwargs)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/validation.py", line 21, in check_field
    field_type = field.db_type(self.connection)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/models/fields/__init__.py", line 648, in db_type
    return connection.data_types[self.get_internal_type()] % data
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/utils/functional.py", line 36, in __get__
    res = instance.__dict__[self.name] = self.func(instance)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/mysql/base.py", line 133, in data_types
    if self.features.supports_microsecond_precision:
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/utils/functional.py", line 36, in __get__
    res = instance.__dict__[self.name] = self.func(instance)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/mysql/features.py", line 65, in supports_microsecond_precision
    return self.connection.mysql_version >= (5, 6, 4)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/utils/functional.py", line 36, in __get__
    res = instance.__dict__[self.name] = self.func(instance)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/mysql/base.py", line 345, in mysql_version
    with self.temporary_connection() as cursor:
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/contextlib.py", line 82, in __enter__
    return next(self.gen)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 576, in temporary_connection
    cursor = self.cursor()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 255, in cursor
    return self._cursor()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 232, in _cursor
    self.ensure_connection()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 216, in ensure_connection
    self.connect()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/utils.py", line 89, in __exit__
    raise dj_exc_value.with_traceback(traceback) from exc_value
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 216, in ensure_connection
    self.connect()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/base/base.py", line 194, in connect
    self.connection = self.get_new_connection(conn_params)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/django/db/backends/mysql/base.py", line 236, in get_new_connection
    return Database.connect(**conn_params)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pymysql/__init__.py", line 90, in Connect
    return Connection(*args, **kwargs)
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 699, in __init__
    self.connect()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 935, in connect
    self._get_server_information()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 1249, in _get_server_information
    packet = self._read_packet()
  File "/home/op/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/pymysql/connections.py", line 1005, in _read_packet
    % (packet_number, self._next_seq_id))
django.db.utils.InternalError: Packet sequence number wrong - got 45 expected 0

該当のソースコード

全体のソースはこちらに書いてあります。
https://github.com/duri0214/CentOS-Python

が、ほぼほぼPyMySQLの問題であるというアタリがついていますので、
PyMySQLに関連するソースを書きます。まずはフォルダツリーを。

[op@ik1-336-28225 pj1]$ tree
.
┣ app1
┃ ┣ __init__.py
┃ ┣ __pycache__
┃ ┃ ┣ __init__.cpython-36.pyc
┃ ┃ ┣ admin.cpython-36.pyc
┃ ┃ ┣ models.cpython-36.pyc
┃ ┃ ┣ urls.cpython-36.pyc
┃ ┃ ┗ views.cpython-36.pyc
┃ ┣ admin.py
┃ ┣ apps.py
┃ ┣ migrations
┃ ┃ ┗ __init__.py
┃ ┣ models.py
┃ ┣ templates
┃ ┃ ┗ index.html
┃ ┣ tests.py
┃ ┣ urls.py
┃ ┗ views.py
┣ manage.py
┗ pj1
    ┣ __init__.py
    ┣ __pycache__
    ┃ ┣ __init__.cpython-36.pyc
    ┃ ┣ settings.cpython-36.pyc
    ┃ ┗ urls.cpython-36.pyc
    ┣ settings.py
    ┣ urls.py
    ┗ wsgi.py

そしてPyMySQL関連の記述をした箇所が、pj1/pj1 ディレクトリの settings.py です。
凡例：
★：追記箇所
●：コメントアウトした箇所（デフォルトで書いてあるもの）

# Database
# https://docs.djangoproject.com/en/2.0/ref/settings/#databases
★import pymysql
★pymysql.install_as_MySQLdb()
DATABASES = {
●    'default': {
●        'ENGINE': 'django.db.backends.sqlite3',
●        'NAME': os.path.join(BASE_DIR, 'db.sqlite3'),
●    }
★    'default': {
★        'ENGINE': 'django.db.backends.mysql',
★        'NAME': 'pythondb',
★        'USER': 'python',
★        'PASSWORD': 'python123',
★        'HOST': '153.126.200.229',
★        'PORT': '61203',
★    }
}

試したこと

ひとまずpj1フォルダを消して、やりなおすことでエラーが出ない状態（Hello Djangoの状態）に戻せることはわかったので、いろんなチュートリアルみると makemigrationsはすんなり通る場所なのに環境が違うのかわからないけど大ハマりしています。作りたいものがもう迫っているのにスタートに立てないのはまずい...

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

・Linux（CentOS release 7.4）
・Apache 2.4.6
・MySQL 5.7
・Python 3.6(Anaconda)
・Django 2.0
・PyMySQL 0.8

m.ts10806

2018/05/13 09:01

ご自身が書かれたコードをご提示ください。参考先はあくまで参考のもので、今問題が起きているコードは自身のものとして提示すべきです。https://teratail.com/help/question-tips#questionTips3-5

YoshitakaOkada

2018/05/13 09:19

反応いただきありがとうございます。github先のコードは、現時点でさくらのサーバーにアップされている自分のコードのすべてです。問題があるコードを示せれば一番いいのでしょうけども恐らくソースコード自体の問題ではないと思っています（どちらかというとPyMySQLに関連する設定または環境の問題だと思っています）。「python manage.py makemigrations app1」のコマンドが通らないのです..。どのような情報を提示すればベストなのかも正直わかっておりませんが、ソースはすべて提示しているつもりです。

m.ts10806

2018/05/13 09:26

外部サービスを利用するのはいいのですが何かでその外部サービスが利用できなくなった場合にコードを確認する術がなくなるので、コア部分だけでも結構ですので質問本文にご提示ください。

YoshitakaOkada

2018/05/13 09:31

なるほどそういうことでしたか。関連しそうな箇所を書きます