python 仮想環境からDB接続

Question

python3の仮想環境（環境名：python3.6）を作成しました。
python3.6にmysqlをインストールし、mysql.server startで起動したところ下記のエラーが発生しましたが、
解決できないたご教授ください。

エラー内容

ERROR! The server quit without updating PID file (/usr/local/miniconda3/envs/python3.6/data/mbp.pid).

mbp.errの中身
[ERROR] Can't read from messagefile '/usr/local/miniconda3/envs/python3.6/errmsg.sys'
[ERROR] Can't open the mysql.plugin table. Please run mysql_upgrade to create it.
[ERROR] Fatal error: Can't open and lock privilege tables: Unknown error 1146
[ERROR] Aborting

参考

同様のエラーが出ている、
https://teratail.com/questions/29340
を参考に、「 mysql_upgrade -u root -p 」を実行しました。
→mysql_upgrade: Got error: 2002: Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock' (2) while connecting to the MySQL server
Upgrade process encountered error and will not continue.