私も、CentOSを使用しています。
CentOSの標準のライブラリではかなりバージョンが古い物もあるので注意した方が良いかもしれません。
Vagrantがどのパージョンのモジュールをインストールしているか不明ですが、もしかするとPHP、Mysql、Rubyなどが若干古い可能性があるかも知れません。
確か、CentOS5.6の標準のPHPはサポートが終了しているバージョンだった気がします。
開発環境は、基本的に運用環境に近い物を使用した方が良いかと思います。
私の場合、さくらインターネットのVPSサーバを使用する機会が多いため、CentOSで開発環境を構築して利用しています。
ですが、私はVagrantを利用していないのでどのような設定になっているか解りませんが、サーバとほぼ同環境の設定でCentOSインストールしてサーバを構築しています。
また、レンタルサーバに関してのOSですが、FreeBSDもかなり多いようです。
ですが、こちらもUnix系のOSになりますので、基本的なコマンドはCentOSに似ています。
また、Windows環境に各環境を構築すればどうかというてんですがこちらは常識オススメしません。
理由として、環境依存の問題が大きいです。
Windwosは、ディレクトリ構成もLinuxやUnixと全く異なります。
また、PHPなどの設定もWinとLinux/Unixでは異なります。
標準文字コードも異なります。
そのような環境の違いから、ローカルでは動くけどサーバにアップしたら動かないなど良く耳にします。
MACは、Linux/Unix系に近いので、WindwosよりはMACの方が環境としては向いているかもしれません。
ただし、VMやVirtualBoxなどの仮想サーバを構築して開発する方法を選択するのであれば、ローカルOSは関係ありませんね。
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