IDLEについて確認してみました。(Debian Sid / Python 3.6.5rc1)
行番号表示について
メモ帳(エディタ)の行番号表示ですが、特に設定等ありませんでしたので無いのが正解だと思います。本などは文書内で説明しやすいようにあとから編集で付け加えていることがあります。また、「IDLE Python」でググって出てくる上位のサイトでも、特に行番号が表示されているようなスクリーンショットはありませんでした。
シェルとファイル実行の使い分け
シェルで実行とファイルで実行の違いについては、シェルでの実行は常に行(ブロック)単位で行われます。1行で済む命令であれば結果も都度表示されます。for文など複数行(ブロック)の場合は、全て間違えず入力してからでないと実行できません。間違いがあった場合はすべて入力し直しとなりますので注意がひつようです。
ファイルの場合は、全てプログラムとして入力し終えてから実行となり、デバッグ機能が利用できるので、ある程度プログラムが組めるようになったとき、作ったプログラムがどのように動作するのかを確認することができます。また、間違いがあってエラーとなっても間違っていた場所だけ修正して実行しなおせばいいですね。
1行程度の簡単な命令の実行・動作確認をしたいならシェル、ある程度まとまったプログラムを実行・動作確認をしたい場合はファイルを用いた実行と使い分けると良いかと思います。
ファイルへの保存について
ファイルの実行について、Pythonは常にファイルに記録されているプログラムを読み込んで実行されますので、プログラムを変更した際それを反映させたい場合はファイルへ保存が必須となります。
なお、IDLEでファイルの内容を開いて実行する際にF5を押すかと思いますが、「Options」→「Configure IDLE」→「General」タブ→「At Start of Run(F5)」で「No Prompt」を指定すると実行前に自動的にプログラムを保存して実行されます(ただしNew Fileをして最初の実行では明示的にファイル名を指定しての保存が必要)。
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