これらのファイルは捨てたり、移動させたりしてはダメなのでしょうか?
全てのファイルには存在意義があります。
調べもせずに勝手に捨てるのはエンジニアのやる仕事ではありませんので、確実に調べる癖をつけてください。
なので、勝手に捨てて困る前に聞いたのはGJです。
さて、私にもこのwt拡張子のファイルが分からなかったので調査しました。
どうやらMongoDBが内部で持っているWiredTrigerファイルのようです。
https://docs.mongodb.com/manual/core/wiredtiger/
これを捨てるとMongoDBに溜めたデータが吹き飛ぶんじゃないかと推測されます。
中途半端に捨てるとMongoDBがフリーズしたり、インデックスが効いたり効かなかったりで不具合の原因になりそうですね。
プロジェクトルートが汚れないようにうまくハンドリングしてください。
例えばtmpディレクトリをプロジェクトルートに置いて、
.gitignore
ファイルに書き込んで無視対象とするのが良いかもしれませんね。
参考になりそうな記事を紹介しておきます。
MongoDBのデータの保存先 - Qiita