WordPressテーマ「ストーク」でページ内リンクを滑らかにするJavaScriptが反映されない

PHP、JavaScriptに関してあまり知識がありません。
初歩的な質問で申し訳ないです。

この度、WordPressテーマにJavaScriptを導入してページないリンクを滑らかにしようと思っています。

下記ソースを</body>の直前に入力したのですが、反映されないようです。
なにかJavaScriptが動かない理由はありますでしょうか？

<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.9.1/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(function(){
	$('a[href^=#]').click(function(){
		var speed = 500;
		var href= $(this).attr("href");
		var target = $(href == "#" || href == "" ? 'html' : href);
		var position = target.offset().top;
		$("html, body").animate({scrollTop:position}, speed, "swing");
		return false;
	});
});
</script>

また、併せて以下ソースをfunction.phpに入れることでJavaScriptを導入できると見たのですが、

<?php
function my_js_function() {
echo <<< EOM
<script>

//script コード

</script>
EOM;
}
add_action( 'wp_footer', 'my_js_function' );
?>

その場合、他のPHPからの続きで記載する際は

function my_js_function() {
echo <<< EOM
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.9.1/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(function(){
	$('a[href^=#]').click(function(){
		var speed = 500;
		var href= $(this).attr("href");
		var target = $(href == "#" || href == "" ? 'html' : href);
		var position = target.offset().top;
		$("html, body").animate({scrollTop:position}, speed, "swing");
		return false;
	});
});
</script>
EOM;
}
add_action( 'wp_footer', 'my_js_function' );

このような入力で間違いないでしょうか？