Ruby ファイルを分けて実行すると上手くのに、ファイルを一緒にしたりrequireするとエラーがでる

uni_replace.rb において，

File.open('C:\pg\uni_sort\output.csv','w').puts @source

という行がありますね。

ファイルを開いておいてそのファイルに @source を書き出しているのですが，ファイルを閉じていません。

ファイルへの書き込みというのは，puts した瞬間に完了するわけではなくて，いちどバッファーにたまったものが，あるタイミングで実際にファイルに書かれてゆくんです。
なので，上記のコードを実行した直後に，実際にファイルに書かれているかどうかは分かりません。
というか，いまのケースでは 1 字も書かれていないんですよ。

で，このファイル close してませんよね。close すれば書き込みを完了してくれます。

そのためには，上のコードを

file = File.open('C:\pg\uni_sort\output.csv','w')
file.puts @source
file.close

とすればいいんですが，Ruby ではふつうこんな書き方はしません。もっといい方法があるからです。

それは open 時にブロックを使う方法で

File.open('C:\pg\uni_sort\output.csv','w') do |file|
  file.puts @source
end

とします。
ブロック付きで File.open を呼び出した場合，ブロックの評価が終わったところで自動的にファイルは close されます。
プログラマーが「ファイルのクローズ」って意識しなくていいんです。
たとえブロックの実行中にエラーが起こって処理が中断してもクローズしてくれます。

ところで，もっと簡潔な方法もあります。

File.write 'C:\pg\uni_sort\output.csv', @source

です。
ただ，完全に等価というわけではありません。puts は改行を補いますが，File.write は与えられたものだけを書き込むからです。

以上が回答ですが，コードを拝見して気になったことを。

まず Address クラスの initialize メソッドが

def initialize
  buf = Array.new #バッファするための配列を宣言
  open('C:/pg/uni_sort/output.csv',"r") do |file|
    file.each_line do |s|
      buf << s.chomp #改行文字\nを取り除きつつbufに値を格納
      @s = buf #できあがった配列をインスタンス変数に格納
    end
  end
end

となっていますね。

Array.new は単に [] と書けます。

それから，

open(ファイルパス, "r") do |file|
  file.each_line do |s|
    # 云々
  end
end

は

IO.foreach(ファイルパス) do |line|
  # 云々
end

と書けます。

行をあとで chomp するなら，最初から

IO.foreach(ファイルパス, chomp: true) do |line|
  # 云々
end

で OK。ただし，chomp オプションが導入されたのは Ruby 2.4 です。

また，each_line のループの中で毎回

@s = buf

していますが，これはメソッドの末尾でいいですね。

というか，最初から @s = [] としておけば，buf なんて要りません。

以上をまとめると

def initialize
  @s = []
  IO.foreach('C:/pg/uni_sort/output.csv', chomp: true) do |line|
    @s << line
  end
end

でいいわけです。

と，ここまで書いて気付きましたが，これって単に

def initialize
  @s = IO.readlines('C:/pg/uni_sort/output.csv', chomp: true)
end

でいいんじゃん。

次に

def sort #降順に並べ替える
  @s.sort! do |one,another|
    one = one.split(',')
    another = another.split(',')
    one[2] <=> another[2]
  end
end

ですが，one にも another にも同じ変換を施すのは無駄です。sort_by! を使って

def sort
  @s.sort_by! do |one|
    one.split(',')[2]
  end
end

としましょう。

ファイル末尾の

File.open('C:\pg\uni_sort\uni_replace.rb','a').puts address.sort

は何かの間違いですよね？　スクリプトを書き換えちゃってますが。

次に uni_replace.rb ですが，トップレベルで @source とインスタンス変数を用いる必然性はないので，ローカル変数 source でいいでしょう。

同じディレクトリーのファイルを require するのは

require_relative 'csv_sort'

などと書けます。（ちなみに，require も require_relative も，ファイルの拡張子が .rb だったらそれは省略できます）