解決したいこととそれに至った経緯

Ubuntuのソフトウェアアップデートができない不具合を解消したいです。

まず、Ubuntuでソフトウェアアップデートしている最中にホストOSのエラーでアップデートが中断されてしまいました。
その後、Ubuntuを立ち上げて改めてソフトウェアアップデートをしようとしましたが、upgradeが上手く実行できませんでした。

発生しているエラーとエラーメッセージ

1. sudo apt-get upgrade

$ sudo apt-get upgrade
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています                
状態情報を読み取っています... 完了
これらを直すためには 'apt-get -f install' を実行する必要があるかもしれません。
以下のパッケージには満たせない依存関係があります:
 libc6-dev : 依存: libc6 (= 2.23-0ubuntu10) しかし、2.23-0ubuntu3 はインストールされています
E: 未解決の依存関係があります。-f オプションを試してください。

2.sudo apt-get -f install

パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています                
状態情報を読み取っています... 完了
依存関係を解決しています ... 完了
以下の追加パッケージがインストールされます:
  libc6 libc6-dbg
提案パッケージ:
  glibc-doc
以下のパッケージはアップグレードされます:
  libc6 libc6-dbg
アップグレード: 2 個、新規インストール: 0 個、削除: 0 個、保留: 557 個。
32 個のパッケージが完全にインストールまたは削除されていません。
6,263 kB 中 0 B のアーカイブを取得する必要があります。
この操作後に追加で 14.3 kB のディスク容量が消費されます。
続行しますか? [Y/n] y
パッケージを事前設定しています ...
dpkg: 復旧不可能な致命的なエラーです。中止します:
 パッケージ 'libstdc++6:amd64' のファイル一覧ファイルに最後の改行がありません
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (2)

3.sudo dpkg --configure -a

dpkg: 依存関係の問題により libc6-dev:amd64 の設定ができません:
 libc6-dev:amd64 は以下に依存 (depends) します: libc6 (= 2.23-0ubuntu10) ...しかし:
  システム上の libc6:amd64 のバージョンは 2.23-0ubuntu3 です。

dpkg: パッケージ libc6-dev:amd64 の処理中にエラーが発生しました (--configure):
 依存関係の問題 - 設定を見送ります
dpkg: 依存関係の問題により libstdc++-5-dev:amd64 の設定ができません:
 libstdc++-5-dev:amd64 は以下に依存 (depends) します: libc6-dev (>= 2.13-0ubuntu6) ...しかし:
  パッケージ libc6-dev:amd64 はまだ設定されていません。

dpkg: パッケージ libstdc++-5-dev:amd64 の処理中にエラーが発生しました (--configure):
 依存関係の問題 - 設定を見送ります
dpkg: 依存関係の問題により g++-5 の設定ができません:
 g++-5 は以下に依存 (depends) します: libstdc++-5-dev (= 5.4.0-6ubuntu1~16.04.9) ...しかし:
  パッケージ libstdc++-5-dev:amd64 はまだ設定されていません。

dpkg: パッケージ g++-5 の処理中にエラーが発生しました (--configure):
 依存関係の問題 - 設定を見送ります
処理中にエラーが発生しました:
 libc6-dev:amd64
 libstdc++-5-dev:amd64
 g++-5

試したこと

1. 一度再起動をしてから、全てのコマンドをもう一度実行した。
   -> 変化なし。

2.synaptic package managerで破損しているパッケージの情報を見る。
-> synaptic package managerをインストールできない。

3.Ubuntu Softwareからアップデートしようとした。
結果、アップデートできず、以下のような画面が出ました。

仮想環境

ホストOS: MacOS High Sierra ver10.13.3
ゲストOS: Ubuntu 16.04LTS
VirtuelBox ver5.2.6

追記は可能な限りいたしますので、
足りない情報などあればコメントしていただければ幸いです。
なにとぞ、よろしくお願いいたします。

追記

試したこと

1. sudo apt-get updateをした後に、改めてsudo apt-get -f install
   -> 変化なし。

$sudo apt-get update
ヒット:1 http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu xenial InRelease                 
無視:2 http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja-non-free xenial InRelease       
ヒット:3 http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja-non-free xenial Release       
ヒット:5 http://ppa.launchpad.net/kelleyk/emacs/ubuntu xenial InRelease        
取得:6 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security InRelease [102 kB]    
取得:7 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security/main amd64 DEP-11 Metadata [67.4 kB]
取得:8 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security/main DEP-11 64x64 Icons [72.2 kB]
取得:9 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security/universe amd64 DEP-11 Metadata [51.4 kB]
取得:10 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security/universe DEP-11 64x64 Icons [85.1 kB]
エラー:11 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial InRelease                 
  jp.archive.ubuntu.com:80 (160.26.2.187) へ接続できませんでした。接続がタイムアウトしました
エラー:12 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-updates InRelease
  jp.archive.ubuntu.com:http へ接続できません:
エラー:13 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-backports InRelease
  jp.archive.ubuntu.com:http へ接続できません:
378 kB を 2分 0秒 で取得しました (3,130 B/s)                      
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
W: http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/xenial/InRelease の取得に失敗しました  jp.archive.ubuntu.com:80 (160.26.2.187) へ接続できませんでした。接続がタイムアウトしました
W: http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/xenial-updates/InRelease の取得に失敗しました  jp.archive.ubuntu.com:http へ接続できません:
W: http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/xenial-backports/InRelease の取得に失敗しました  jp.archive.ubuntu.com:http へ接続できません:
W: いくつかのインデックスファイルのダウンロードに失敗しました。これらは無視されるか、古いものが代わりに使われます。


$ sudo apt-get -f install
パッケージリストを読み込んでいます... 完了
依存関係ツリーを作成しています                
状態情報を読み取っています... 完了
依存関係を解決しています ... 完了
以下の追加パッケージがインストールされます:
  libc6 libc6-dbg
提案パッケージ:
  glibc-doc
以下のパッケージはアップグレードされます:
  libc6 libc6-dbg
アップグレード: 2 個、新規インストール: 0 個、削除: 0 個、保留: 557 個。
3 個のパッケージが完全にインストールまたは削除されていません。
6,263 kB 中 0 B のアーカイブを取得する必要があります。
この操作後に追加で 14.3 kB のディスク容量が消費されます。
続行しますか? [Y/n] y
パッケージを事前設定しています ...
dpkg: 復旧不可能な致命的なエラーです。中止します:
 パッケージ 'libstdc++6:amd64' のファイル一覧ファイルに最後の改行がありません
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (2)