[Ubuntu]ソフトウェアアップデートができない不具合の解消

#解決したいこととそれに至った経緯
Ubuntuのソフトウェアアップデートができない不具合を解消したいです。

まず、Ubuntuでソフトウェアアップデートしている最中にホストOSのエラーでアップデートが中断されてしまいました。
その後、Ubuntuを立ち上げて改めてソフトウェアアップデートをしようとしましたが、upgradeが上手く実行できませんでした。

#発生しているエラーとエラーメッセージ

sudo apt-get upgrade

Console
1$ sudo apt-get upgrade
2パッケージリストを読み込んでいます... 完了
3依存関係ツリーを作成しています                
4状態情報を読み取っています... 完了
5これらを直すためには 'apt-get -f install' を実行する必要があるかもしれません。
6以下のパッケージには満たせない依存関係があります:
7 libc6-dev : 依存: libc6 (= 2.23-0ubuntu10) しかし、2.23-0ubuntu3 はインストールされています
8E: 未解決の依存関係があります。-f オプションを試してください。

2.sudo apt-get -f install

Console
1パッケージリストを読み込んでいます... 完了
2依存関係ツリーを作成しています                
3状態情報を読み取っています... 完了
4依存関係を解決しています ... 完了
5以下の追加パッケージがインストールされます:
6  libc6 libc6-dbg
7提案パッケージ:
8  glibc-doc
9以下のパッケージはアップグレードされます:
10  libc6 libc6-dbg
11アップグレード: 2 個、新規インストール: 0 個、削除: 0 個、保留: 557 個。
1232 個のパッケージが完全にインストールまたは削除されていません。
136,263 kB 中 0 B のアーカイブを取得する必要があります。
14この操作後に追加で 14.3 kB のディスク容量が消費されます。
15続行しますか? [Y/n] y
16パッケージを事前設定しています ...
17dpkg: 復旧不可能な致命的なエラーです。中止します:
18 パッケージ 'libstdc++6:amd64' のファイル一覧ファイルに最後の改行がありません
19E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (2)

3.sudo dpkg --configure -a

Console
1dpkg: 依存関係の問題により libc6-dev:amd64 の設定ができません:
2 libc6-dev:amd64 は以下に依存 (depends) します: libc6 (= 2.23-0ubuntu10) ...しかし:
3  システム上の libc6:amd64 のバージョンは 2.23-0ubuntu3 です。
4
5dpkg: パッケージ libc6-dev:amd64 の処理中にエラーが発生しました (--configure):
6 依存関係の問題 - 設定を見送ります
7dpkg: 依存関係の問題により libstdc++-5-dev:amd64 の設定ができません:
8 libstdc++-5-dev:amd64 は以下に依存 (depends) します: libc6-dev (>= 2.13-0ubuntu6) ...しかし:
9  パッケージ libc6-dev:amd64 はまだ設定されていません。
10
11dpkg: パッケージ libstdc++-5-dev:amd64 の処理中にエラーが発生しました (--configure):
12 依存関係の問題 - 設定を見送ります
13dpkg: 依存関係の問題により g++-5 の設定ができません:
14 g++-5 は以下に依存 (depends) します: libstdc++-5-dev (= 5.4.0-6ubuntu1~16.04.9) ...しかし:
15  パッケージ libstdc++-5-dev:amd64 はまだ設定されていません。
16
17dpkg: パッケージ g++-5 の処理中にエラーが発生しました (--configure):
18 依存関係の問題 - 設定を見送ります
19処理中にエラーが発生しました:
20 libc6-dev:amd64
21 libstdc++-5-dev:amd64
22 g++-5

#試したこと

一度再起動をしてから、全てのコマンドをもう一度実行した。

-> 変化なし。

2.synaptic package managerで破損しているパッケージの情報を見る。
-> synaptic package managerをインストールできない。

3.Ubuntu Softwareからアップデートしようとした。
結果、アップデートできず、以下のような画面が出ました。

#仮想環境
ホストOS: MacOS High Sierra ver10.13.3
ゲストOS: Ubuntu 16.04LTS
VirtuelBox ver5.2.6

追記は可能な限りいたしますので、
足りない情報などあればコメントしていただければ幸いです。
なにとぞ、よろしくお願いいたします。

#追記
##試したこと

sudo apt-get updateをした後に、改めてsudo apt-get -f install

-> 変化なし。

Console
1$sudo apt-get update
2ヒット:1 http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu xenial InRelease                 
3無視:2 http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja-non-free xenial InRelease       
4ヒット:3 http://archive.ubuntulinux.jp/ubuntu-ja-non-free xenial Release       
5ヒット:5 http://ppa.launchpad.net/kelleyk/emacs/ubuntu xenial InRelease        
6取得:6 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security InRelease [102 kB]    
7取得:7 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security/main amd64 DEP-11 Metadata [67.4 kB]
8取得:8 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security/main DEP-11 64x64 Icons [72.2 kB]
9取得:9 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security/universe amd64 DEP-11 Metadata [51.4 kB]
10取得:10 http://security.ubuntu.com/ubuntu xenial-security/universe DEP-11 64x64 Icons [85.1 kB]
11エラー:11 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial InRelease                 
12  jp.archive.ubuntu.com:80 (160.26.2.187) へ接続できませんでした。接続がタイムアウトしました
13エラー:12 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-updates InRelease
14  jp.archive.ubuntu.com:http へ接続できません:
15エラー:13 http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu xenial-backports InRelease
16  jp.archive.ubuntu.com:http へ接続できません:
17378 kB を 2分 0秒 で取得しました (3,130 B/s)                      
18パッケージリストを読み込んでいます... 完了
19W: http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/xenial/InRelease の取得に失敗しました  jp.archive.ubuntu.com:80 (160.26.2.187) へ接続できませんでした。接続がタイムアウトしました
20W: http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/xenial-updates/InRelease の取得に失敗しました  jp.archive.ubuntu.com:http へ接続できません:
21W: http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu/dists/xenial-backports/InRelease の取得に失敗しました  jp.archive.ubuntu.com:http へ接続できません:
22W: いくつかのインデックスファイルのダウンロードに失敗しました。これらは無視されるか、古いものが代わりに使われます。
23
24
25$ sudo apt-get -f install
26パッケージリストを読み込んでいます... 完了
27依存関係ツリーを作成しています                
28状態情報を読み取っています... 完了
29依存関係を解決しています ... 完了
30以下の追加パッケージがインストールされます:
31  libc6 libc6-dbg
32提案パッケージ:
33  glibc-doc
34以下のパッケージはアップグレードされます:
35  libc6 libc6-dbg
36アップグレード: 2 個、新規インストール: 0 個、削除: 0 個、保留: 557 個。
373 個のパッケージが完全にインストールまたは削除されていません。
386,263 kB 中 0 B のアーカイブを取得する必要があります。
39この操作後に追加で 14.3 kB のディスク容量が消費されます。
40続行しますか? [Y/n] y
41パッケージを事前設定しています ...
42dpkg: 復旧不可能な致命的なエラーです。中止します:
43 パッケージ 'libstdc++6:amd64' のファイル一覧ファイルに最後の改行がありません
44E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (2)

行動規範の内容に同意します

回答4件

自己解決

今更ですが, /etc/apt/sources.listを初期のものに書き直して$ apt updateしたら直ってました。
書き忘れて申し訳ないです。

投稿2019/09/16 02:31

task4233

総合スコア106

バックアップをとっておいてという前提ですが、次のようなコマンドで妨げになっているパッケージの強制削除を試みてはどうでしょうか。

$ sudo dpkg --remove --force-remove-reinstreq libstdc++6
或いは
$ sudo dpkg --remove --force-remove-essential libstdc++6

なお、パッケージのアップデートには、最近はapt-getではなくaptを用いることが推奨されているようです。パラメーターはほぼ同一なので、今後はaptを使ってみてはどうでしょうか。
6.2. aptitude、apt-get、apt コマンド - Debian 管理者ハンドブック

投稿2018/02/21 12:26

編集2018/02/21 12:34

keicha_hrs

総合スコア6768

task4233

2018/02/23 01:07

回答ありがとうございます。 $ sudo dpkg --remove --force-remove-reinstreq libstdc++6 および $ sudo dpkg --remove --force-remove-essential libstdc++6 を実行してみましたが、「dpkg: エラー: dpkgステータスデータベースが別のプロセスによってロックされています」と表示されてしまいます…… また、aptの件は初耳でした。ありがとうございます。

keicha_hrs

2018/02/23 07:34 編集

ロックされているというのは、Ubuntuが起動したときに走る自動アップデートがdpkgのプロセスを掴んでいるからではないでしょうか。PCの性能や環境にもよりますが結構長い時間掴まれることがあるので、こうした作業の邪魔になったりするんですよね。メニューから「ソフトウェアとアップデート」を選び、「アップデート」タブを選択して、「アップデートの自動確認」を「なし」にして再起動してから、改めて試してみてはどうでしょうか。ただ、libstdc++6に依存しているパッケージは多いので、これだけ強制削除はできないかもしれないな・・・。

task4233

2018/02/24 00:02

回答ありがとうございます。やはり、「依存関係の問題により、libstdc++6:amd64の削除ができません」と表示されます。もう重要ファイルだけ共有フォルダでホストPCに送ってリインストールするしかないんですかね？

行動規範の内容に同意します

エラーメッセージをぱっと見た感じでは、パッケージデータベースの中でxenial/mainとxenial-security/mainあたりのバージョン関係が崩れているように見えます。

いちどsudo apt-get updateを実行してパッケージデータベースを更新してから、sudo apt-get -f installあたりを実行すると、状況が変わったりしないでしょうか。

投稿2018/02/21 09:42

emasaka

総合スコア524

task4233

2018/02/21 09:58

回答ありがとうございます。改めてsudo apt-get upadate && sudo apt-get -f installを行いましたが、上手くいきませんでした。ログは追記いたしましたので、ご確認ください。

emasaka

2018/02/21 10:07

libstdc++6:amd64のパッケージエラーについては、sudo apt-get install --reinstall libstdc++6で再インストールすると状況が変わったりしないでしょうか。

task4233

2018/02/21 10:11

回答ありがとうございます。試したことの2つ目に書いてあるように、sudo apt-get install *をしようとすると、結局E: 未解決の依存関係です。'apt-get -f install'を実行してみてください (または解法を明示してください)。と表示されるため、install系は八方塞がりなんです……

行動規範の内容に同意します

ちょっと自己責任とあったので注意してください。（仮想マシンのバックアップなど取ってから試すと良いと思います。）
Ubuntuの「壊れた変更禁止パッケージがあります」エラーにaptitudeで対処する方法
但し、ubuntu 16.04にはaptitudeはデフォルトでインストールされていないようです。
Ubuntu 16.04 LTSではaptitudeがデフォルトでインストールされない

投稿2018/02/21 09:35