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Python 自己組織化マップのプログラム TypeErrorを解消したい

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nh_ago

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前提・実現したいこと

Python2.7で、csvファイルを入力として、機械学習の一種である自己組織化マップを用いるシステムを作成しています。
しかし、ターミナル上で実行すると以下のようなエラーが発生します。

発生している問題・エラーメッセージ

/Library/Python/2.7/site-packages/sompy/sompy.py:63: RuntimeWarning: overflow encountered in divide
  return np.exp(-d**2/(2*s**2))
/Library/Python/2.7/site-packages/sompy/sompy.py:63: RuntimeWarning: divide by zero encountered in divide
  return np.exp(-d**2/(2*s**2))
/Library/Python/2.7/site-packages/sompy/sompy.py:63: RuntimeWarning: invalid value encountered in divide
  return np.exp(-d**2/(2*s**2))
Traceback (most recent call last):
  File "som.py", line 35, in <module>
    plt.imshow(output_map, interpolation='none')
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib/pyplot.py", line 2892, in imshow
    imlim=imlim, resample=resample, url=url, **kwargs)
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib/axes.py", line 7300, in imshow
    im.set_data(X)
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib/image.py", line 429, in set_data
    raise TypeError("Invalid dimensions for image data")
TypeError: Invalid dimensions for image data

該当のソースコード

本プログラム

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import csv
import pandas as pd
from sompy import SOM

def normalize(v, axis=-1, order=2):
    l2 = np.linalg.norm(v, ord = order, axis=axis, keepdims=True)
    l2[l2==0] = 1
    return v/l2

pp = pd.read_csv("some.csv", header=0)
df = pp.as_matrix().astype('float')
df_new = normalize(df)

output_shape = (40,40)
som = SOM(output_shape, df_new)

som.set_parameter(neighbor=0.26, learning_rate=0.22)

output_map = som.train(20000)
plt.imshow(output_map, interpolation='none')
plt.show()

入力に用いたCSVファイルの中身

0    1    2    3    4
0.048521    0.066387    0.10432    0.039724    0.103845

試したこと

最初は入力ベクトルの正規化が行われていないことが原因だと感じたため、
正規化を行うプログラムを記述しましたが、エラーは解消されませんでした。

補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)

from sompy import SOM は、以下のURLからインポートしました。
http://www.iandprogram.net/entry/2016/09/20/175441

言語 : Python2.7.10
エディタ : atom
MacOS High Sierra 10.13.2

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  • quiqui

    2018/01/15 13:47

    引用機能を使わないとエラーメッセージもコードも読めませんよ。質問を編集しましょう。 https://teratail.com/help/question-tips#questionTips3-5-1

    キャンセル

  • nh_ago

    2018/01/15 15:51 編集

    @quiqui ご指摘ありがとうございます。編集致しました。

    キャンセル

回答 1

0

サンプルなどの動作を見たところ、このライブラリの入力は複数の3次元のデータのようなので、データを下記のようにしたらエラーなく動作することは確認しました。

(some.csv)
0,1,2
0.048521,0.066387,0.10432
0.048521,0.036387,0.10432
0.48521,0.066387,0.50432
...

正規化がうまく動かなかったので、外して動作させました。

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