Python 自己組織化マップのプログラム TypeErrorを解消したい

Question

###前提・実現したいこと

Python2.7で、csvファイルを入力として、機械学習の一種である自己組織化マップを用いるシステムを作成しています。
しかし、ターミナル上で実行すると以下のようなエラーが発生します。

###発生している問題・エラーメッセージ

/Library/Python/2.7/site-packages/sompy/sompy.py:63: RuntimeWarning: overflow encountered in divide
  return np.exp(-d**2/(2*s**2))
/Library/Python/2.7/site-packages/sompy/sompy.py:63: RuntimeWarning: divide by zero encountered in divide
  return np.exp(-d**2/(2*s**2))
/Library/Python/2.7/site-packages/sompy/sompy.py:63: RuntimeWarning: invalid value encountered in divide
  return np.exp(-d**2/(2*s**2))
Traceback (most recent call last):
  File "som.py", line 35, in <module>
    plt.imshow(output_map, interpolation='none')
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib/pyplot.py", line 2892, in imshow
    imlim=imlim, resample=resample, url=url, **kwargs)
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib/axes.py", line 7300, in imshow
    im.set_data(X)
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/matplotlib/image.py", line 429, in set_data
    raise TypeError("Invalid dimensions for image data")
TypeError: Invalid dimensions for image data

###該当のソースコード

本プログラム

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import csv
import pandas as pd
from sompy import SOM

def normalize(v, axis=-1, order=2):
    l2 = np.linalg.norm(v, ord = order, axis=axis, keepdims=True)
    l2[l2==0] = 1
    return v/l2

pp = pd.read_csv("some.csv", header=0)
df = pp.as_matrix().astype('float')
df_new = normalize(df)

output_shape = (40,40)
som = SOM(output_shape, df_new)

som.set_parameter(neighbor=0.26, learning_rate=0.22)

output_map = som.train(20000)
plt.imshow(output_map, interpolation='none')
plt.show()

入力に用いたCSVファイルの中身

0	1	2	3	4
0.048521	0.066387	0.10432	0.039724	0.103845

###試したこと
最初は入力ベクトルの正規化が行われていないことが原因だと感じたため、
正規化を行うプログラムを記述しましたが、エラーは解消されませんでした。

###補足情報(言語/FW/ツール等のバージョンなど)
from sompy import SOM は、以下のURLからインポートしました。
http://www.iandprogram.net/entry/2016/09/20/175441

言語 : Python2.7.10
エディタ : atom
MacOS High Sierra 10.13.2

Comments

[quickquip]

引用機能を使わないとエラーメッセージもコードも読めませんよ。質問を編集しましょう。 https://teratail.com/help/question-tips#questionTips3-5-1

[nh_ago]

@quiqui ご指摘ありがとうございます。編集致しました。

Answer 1

サンプルなどの動作を見たところ、このライブラリの入力は複数の３次元のデータのようなので、データを下記のようにしたらエラーなく動作することは確認しました。

(some.csv)
0,1,2
0.048521,0.066387,0.10432
0.048521,0.036387,0.10432
0.48521,0.066387,0.50432
...

正規化がうまく動かなかったので、外して動作させました。