RでのSOM 自己組織化マップ

Question

R初学者です．タイトルの通り，RでSOMをつくりたくいろんなサイトを参考に試行錯誤していますが，うまくいかず困っています．

こちらのサイトを参考に動かしてみました．
http://d.hatena.ne.jp/isseing333/20110224/1298512568

library(kohonen)
library(ggplot2)

#---ここのDimとUseDataを必要に応じて変更する
Dim     <- 10
UseData <- do.call(cbind, iris[, -5])
UseData <- scale(UseData)


#------SOMの実行
GRID      <- somgrid(xdim = Dim, ydim = Dim, topo = "hexa")
DataSom   <- som(UseData, grid = GRID)

DataHex       <- data.frame(DataSom$codes)
DataHexStd    <- data.frame(scale(DataHex))
DataHexStd$x  <- rep(1:Dim, Dim)
DataHexStd$y  <- rep(1:Dim, rep(Dim, Dim))

#---------グラフ
HighCol <- "#950000"
LowCol  <- "#3500BF"


#------textの追加
DataSomMap   <- data.frame(Data = 1:nrow(UseData), 
		x = DataSom$unit.classif - trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) * Dim, 
		y = trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) + 1)
DataSomMap$x <- DataSomMap$x + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
DataSomMap$y <- DataSomMap$y + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
DataSomMap   <- cbind(DataSomMap, UseData)


#------ggplot2
i <-1
ggplot(DataHexStd, aes(x, y, col = DataHexStd[, i])) + 
	scale_colour_gradient2(high = LowCol, low = HighCol) + 
	geom_point(size = 190 / Dim, shape = 15) + 
	opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i])

しかし下記のようにエラーがでてきます．

> library(kohonen)
> library(ggplot2)
> 
> #---ここのDimとUseDataを必要に応じて変更する
> Dim     <- 10
> UseData <- do.call(cbind, iris[, -5])
> UseData <- scale(UseData)
> 
> 
> #------SOMの実行
> GRID      <- somgrid(xdim = Dim, ydim = Dim, topo = "hexa")
> DataSom   <- som(UseData, grid = GRID)
 som(UseData, grid = GRID) でエラー:  使われていない引数 (grid = GRID) 
> 
> DataHex       <- data.frame(DataSom$codes)
> DataHexStd    <- data.frame(scale(DataHex))
> DataHexStd$x  <- rep(1:Dim, Dim)
 `$<-.data.frame`(`*tmp*`, x, value = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L,  でエラー: 
  replacement has 100 rows, data has 0
> DataHexStd$y  <- rep(1:Dim, rep(Dim, Dim))
 `$<-.data.frame`(`*tmp*`, y, value = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,  でエラー: 
  replacement has 100 rows, data has 0
> 
> #---------グラフ
> HighCol <- "#950000"
> LowCol  <- "#3500BF"
> 
> 
> #------textの追加
> DataSomMap   <- data.frame(Data = 1:nrow(UseData), 
+ x = DataSom$unit.classif - trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) * Dim, 
+ y = trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) + 1)
 data.frame(Data = 1:nrow(UseData), x = DataSom$unit.classif -  でエラー: 
   引数に異なる列数のデータフレームが含まれています: 150, 0 
> DataSomMap$x <- DataSomMap$x + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
 エラー:  オブジェクト 'DataSomMap' がありません 
> DataSomMap$y <- DataSomMap$y + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
 エラー:  オブジェクト 'DataSomMap' がありません 
> DataSomMap   <- cbind(DataSomMap, UseData)
 cbind(DataSomMap, UseData) でエラー: 
   オブジェクト 'DataSomMap' がありません 
> 
> 
> #------ggplot2
> i <-1
> ggplot(DataHexStd, aes(x, y, col = DataHexStd[, i])) + 
+ scale_colour_gradient2(high = LowCol, low = HighCol) + 
+ geom_point(size = 190 / Dim, shape = 15) + 
+ opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i])
 opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i]) でエラー: 
   関数 "opts" を見つけることができませんでした

将来的にはUseDataに図のようなcsvを入れたいと考えています．

このエラーの詳細や対策方法などご教授いただけると幸いです．

//追記
Rを再起動したところ，下記のようなエラーが出ました．途中まではうまく通るようになったようです，回答ありがとうございます．

> library(kohonen)
> library(ggplot2)
> 
> #---ここのDimとUseDataを必要に応じて変更する
> Dim     <- 10
> UseData <- do.call(cbind, iris[, -5])
> UseData <- scale(UseData)
> 
> 
> #------SOMの実行
> GRID      <- somgrid(xdim = Dim, ydim = Dim, topo = "hexa")
> DataSom   <- som(UseData, grid = GRID)
> 
> DataHex       <- data.frame(DataSom$codes)
> DataHexStd    <- data.frame(scale(DataHex))
> DataHexStd$x  <- rep(1:Dim, Dim)
> DataHexStd$y  <- rep(1:Dim, rep(Dim, Dim))
> 
> #---------グラフ
> HighCol <- "#950000"
> LowCol  <- "#3500BF"
> 
> 
> #------textの追加
> DataSomMap   <- data.frame(Data = 1:nrow(UseData), 
+ x = DataSom$unit.classif - trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) * Dim, 
+ y = trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) + 1)
> DataSomMap$x <- DataSomMap$x + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
> DataSomMap$y <- DataSomMap$y + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5)
> DataSomMap   <- cbind(DataSomMap, UseData)
> 
> 
> #------ggplot2
> i <-1
> ggplot(DataHexStd, aes(x, y, col = DataHexStd[, i])) + 
+ scale_colour_gradient2(high = LowCol, low = HighCol) + 
+ geom_point(size = 190 / Dim, shape = 15) + 
+ opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i])
 opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i]) でエラー: 
   関数 "opts" を見つけることができませんでした 

Comments

[can110]

pythonではなくRでは？

[kaErita_E]

大変失礼いたしました。Rでございます。pythonでもできないかと同時に考えていたためおかしなことになってしまいました。

Answer 1

やってみましたがsom(UseData, grid = GRID) でエラー: 使われていない引数 (grid = GRID)のエラーは再現しませんでした。
そもそも引数gridを受け付けていないというのがおかしいので、可能性として思いつくのは、試行錯誤の過程でsomが別のものに上書きされてしまっていることくらいです。
示されているログでこれ以降に出てくるエラーはいずれもDataSomの作成に失敗していることによる副次的なエラーであるように見えます。

Rを再起動してみても状況は変わらないでしょうか。

Comments

[kaErita_E]

回答ありがとうございます．再起動したところ，最後以外はうまくいくようになりました．ありがとうございます．最後の 関数 "opts" を見つけることができませんでした というエラーは再現できませんでしたでしょうか…？

[KojiDoi]

optsはもうdeprecatedみたいです。今時はこうやるようです。
http://www.cookbook-r.com/Graphs/Legends_(ggplot2)/#changing-the-position-of-the-legend

[kaErita_E]

なるほど，大変参考になりました．themeを使用することでうまくいきました！ありがとうございます．