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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2018/01/11 05:35

編集2022/01/12 10:58

R初学者です.タイトルの通り,RでSOMをつくりたくいろんなサイトを参考に試行錯誤していますが,うまくいかず困っています.

こちらのサイトを参考に動かしてみました.
http://d.hatena.ne.jp/isseing333/20110224/1298512568

R

library(kohonen) library(ggplot2) #---ここのDimとUseDataを必要に応じて変更する Dim <- 10 UseData <- do.call(cbind, iris[, -5]) UseData <- scale(UseData) #------SOMの実行 GRID <- somgrid(xdim = Dim, ydim = Dim, topo = "hexa") DataSom <- som(UseData, grid = GRID) DataHex <- data.frame(DataSom$codes) DataHexStd <- data.frame(scale(DataHex)) DataHexStd$x <- rep(1:Dim, Dim) DataHexStd$y <- rep(1:Dim, rep(Dim, Dim)) #---------グラフ HighCol <- "#950000" LowCol <- "#3500BF" #------textの追加 DataSomMap <- data.frame(Data = 1:nrow(UseData), x = DataSom$unit.classif - trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) * Dim, y = trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) + 1) DataSomMap$x <- DataSomMap$x + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5) DataSomMap$y <- DataSomMap$y + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5) DataSomMap <- cbind(DataSomMap, UseData) #------ggplot2 i <-1 ggplot(DataHexStd, aes(x, y, col = DataHexStd[, i])) + scale_colour_gradient2(high = LowCol, low = HighCol) + geom_point(size = 190 / Dim, shape = 15) + opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i])

しかし下記のようにエラーがでてきます.

R

> library(kohonen) > library(ggplot2) > > #---ここのDimとUseDataを必要に応じて変更する > Dim <- 10 > UseData <- do.call(cbind, iris[, -5]) > UseData <- scale(UseData) > > > #------SOMの実行 > GRID <- somgrid(xdim = Dim, ydim = Dim, topo = "hexa") > DataSom <- som(UseData, grid = GRID) som(UseData, grid = GRID) でエラー: 使われていない引数 (grid = GRID) > > DataHex <- data.frame(DataSom$codes) > DataHexStd <- data.frame(scale(DataHex)) > DataHexStd$x <- rep(1:Dim, Dim) `$<-.data.frame`(`*tmp*`, x, value = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, でエラー: replacement has 100 rows, data has 0 > DataHexStd$y <- rep(1:Dim, rep(Dim, Dim)) `$<-.data.frame`(`*tmp*`, y, value = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, でエラー: replacement has 100 rows, data has 0 > > #---------グラフ > HighCol <- "#950000" > LowCol <- "#3500BF" > > > #------textの追加 > DataSomMap <- data.frame(Data = 1:nrow(UseData), + x = DataSom$unit.classif - trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) * Dim, + y = trunc((DataSom$unit.classif - 1)/Dim) + 1) data.frame(Data = 1:nrow(UseData), x = DataSom$unit.classif - でエラー: 引数に異なる列数のデータフレームが含まれています: 150, 0 > DataSomMap$x <- DataSomMap$x + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5) エラー: オブジェクト 'DataSomMap' がありません > DataSomMap$y <- DataSomMap$y + runif(nrow(UseData), -0.5, 0.5) エラー: オブジェクト 'DataSomMap' がありません > DataSomMap <- cbind(DataSomMap, UseData) cbind(DataSomMap, UseData) でエラー: オブジェクト 'DataSomMap' がありません > > > #------ggplot2 > i <-1 > ggplot(DataHexStd, aes(x, y, col = DataHexStd[, i])) + + scale_colour_gradient2(high = LowCol, low = HighCol) + + geom_point(size = 190 / Dim, shape = 15) + + opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i]) opts(legend.position = "none", title = names(DataHexStd)[i]) でエラー: 関数 "opts" を見つけることができませんでした

将来的にはUseDataに図のようなcsvを入れたいと考えています.
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このエラーの詳細や対策方法などご教授いただけると幸いです.

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can110
can110

2018/01/11 05:43

pythonではなくRでは?
kaErita_E
kaErita_E

2018/01/11 05:47

大変失礼いたしました。Rでございます。pythonでもできないかと同時に考えていたためおかしなことになってしまいました。

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