ワードプレスを3階層下のディレクトリにインストールしたいが干渉が起こる

【概要】
現在運営中のワードプレスで構築したメインサイトのサブディレクトリに
ワードプレスを新たにインストール試みているのですが干渉が発生してうまくいきません。

【問題点】
当方エックスサーバーを使用しているのですが
通常であれば自動インストール機能を使い

example.com/sub1

ディレクトリにインストールすればOKです。

しかし今回実現したい実現したいURL構造は3階層。
example.com/sub1/sub2/sub3/index.html

したがって自動インストール先も同様に
example.com/sub1/sub2/sub3/
と指定してみたのですが

困ったことに本サイトで存在するページ
＊example.com/sub1/
＊example.com/sub1/sub2/
と干渉を起こしてしまい、本サイトのページが表示されなくなってしまいました。

【やったこと】
example.com/sub1/sub2/sub3/
にインストールしたワードプレスは削除し、

example.com/sub3
というディレクトリを作り、新たにワードプレスをインストール

ワードプレスの一般設定で
WordPress アドレス (URL)：　example.com/sub3
サイトアドレス (URL)：　example.com/sub1/sub2/sub3/
と設定し

.htaccessファイルは

# BEGIN WordPress
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /sub1/sub2/sub3/
RewriteRule ^index.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /sub1/sub2/sub3/index.php [L]
</IfModule>

# END WordPress