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Rをターミナルから用いる方法

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回答 2

投稿 2017/11/20 15:35 ・編集 2017/11/20 15:51

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aaa12

score 10

ターミナルからRを使う際のやり方について質問があります。
今、ssh接続をしてその接続先でRを用いて中心性指標を求めようとしています(igraphも用いる)

そこで以下のような手順でファイルを読み込もうとするのですが、なぜかエラーになってしまいます。どうしてこうなるのかわかる方教えていただきたいです。
ターミナルからRを使う作業に関して全くの初心者です。
よろしくお願いします。

ターミナルでRと打ち込む。
>library(igraph)
>g<read.graph("hoge.txt",format="edgelist")

これをすると以下のようなエラーが出ます。
Error: object 'g' not found
これは、>g<-のように-をつければなおったのですが-は必ず必要なのでしょうか?私が読んだサイトのサンプル例では描かれていなかったので-を入れる場合と入れない場合の違いがわかりません。

上記でエラーが出てしまったので以下のようにしました。
>library(igraph)
>g<-read.graph("hoge.txt",format="edgelist")
これをすると以下のようなエラーが出ました。
Error in read.graph.edgelist(file, ...) : 
At foreign.c:105 : parsing edgelist file failed, Parse error
今、hoge.txtが入っている場所からRに接続しているのですが、なぜこのようなエラーが出るのでしょうか?わかる方教えていただきたいです。

また、ここから中心性を求める場合は
d<-degree(g)
のようにすれば大丈夫でしょうか?

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回答 2

0

私もRはあまり使用したことがありませんが、
「<-」はpythonなどでいう代入演算子で「=」と等価かと思います。
https://qiita.com/stkdev/items/6aba2c1db2fa056170ae

「<」だとただの比較演算子になるので、gが定義されていないということになるのでは?


追記
read.graphのformatには"edgelist"のみがあるようですが、"edgeless"というのはどのような文脈で出てきたのでしょうか?
http://igraph.org/r/doc/read_graph.html

投稿 2017/11/20 15:43

編集 2017/11/20 15:49

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  • 2017/11/20 15:47

    ありがとうございます!<のままだと比較演算子扱いになるのですね。助かりました!もう一つのエラーについてもご存知でしたら教えていただきたいです。

    キャンセル

  • 2017/11/20 15:52

    申し訳ないです。これは転記ミスでした、直しました!edgelistとうってエラーが出ました。

    キャンセル

  • 2017/11/20 18:09

    手元で試しましたが、中心性を出すにはd<-degree(g)であっているはずです。
    次数中心性というやつですか。
    http://mitsuruya.hatenablog.com/entry/2014/10/24/200202

    キャンセル

  • 2017/11/20 18:11

    他の中心性については、ここかな。
    https://sites.google.com/site/kztakemoto/r-seminar-on-igraph---supplementary-information

    キャンセル

0

parsing edgelist file failed
と言われているのだからまずhoge.txtの書式に問題がある可能性を疑うべきでしょう。

投稿 2017/11/20 16:30

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  • 2017/11/20 16:37

    区切り文字、改行コードあたりが疑わしいのでしょうか。
    https://stackoverflow.com/questions/29267735/python-igraph-create-graph-from-file

    キャンセル

  • 2017/11/20 16:45

    ありがとうございます。ファイルの中身を色々変えて実行してみます!

    キャンセル

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