「HTML、CSSを使いサイトを作っていた」頃は、
(動的変更や動的生成のない)静的サイトのコンテンツ作りだったものと思われます。
ユーザーを識別して、ユーザー向けにコンテンツをカスタマイズして表示する機能を持たせるために、
webサーバー側でユーザーの入力やデータベース上のデータなどを加工したり処理したりして
webブラウザ向けに送信する「動的サイト」への変更が必要になった場面かと思われます。
役割を整理すると、
・webブラウザ:ユーザー側に最も近い、コンテンツを表示するもの。
・JavaScript:webブラウザ上で動作して、webブラウザに表示しているコンテンツに変更を加えたり、ユーザーの入力をチェックしたりする。
・PHP:webサーバー上で動作して、基本となるHTMLの生成をPHPコードで制御したり、データベースから取り出したデータを加工してHTML生成したりする。
・データベース:ユーザーの入力や事前に用意されたデータを永続的に保持し管理するもの。PHPからの要求に合わせてデータを加工して返す。
みたいになりますので、
それぞれの役割に応じて体系的に習得していただきたいと思います。
なお、webサーバー側でデータを保持するのに、データベース(RDBMS)を使わない方法もあります。
簡素なSQLiteを使う方法もあるけど、作るwebサイトが頻繁にアクセスされ頻繁にデータ更新が必要になると、
どこまで耐えられるかわかりません。
ましてや、CSVファイルなど使うと、排他制御を間違うとかんたんにデータが壊れます。
排他制御(誰かがデータ更新中に、他の人が更新して壊さないようにする制御)がしっかりできるデータベースを使うのはセオリーです。